Cell Ranger insufficient memory / pipeline killed 怎么解决？
Cell Ranger 会根据阶段并行使用内存。样本 reads、细胞数和参考基因组变大后，默认并发可能把节点内存打满。
Cell Ranger insufficient memory Martian Runtime这个报错是什么意思？
Martian pipeline 的某个 stage 超过节点可用内存，或 --localcores 设置过高导致多个 stage 同时争抢内存。
先做这三个检查
- 检查 pipestance 日志，确认具体失败 stage 和峰值内存。
- 降低 localcores，避免并发 stage 同时占满内存。
- 大型单细胞项目建议使用 128GB—256GB 节点，并保留足够临时磁盘。
可直接执行的检查命令
free -h
cellranger count --localcores=8 --localmem=64 ...
grep -R "MEMORY|oom|Killed" pipestance/_log日志更长，还是定位不准？
把完整报错前后关键行贴进诊断工具，自动区分环境问题、软件问题和真实硬件瓶颈。
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留下手机号，我们会围绕“Cell Ranger insufficient memory Martian Runtime”核对环境与资源条件；需要迁移时，可一并评估 128G 生信服务器 3 天试用。
先判断是否真缺算力不自动开通付费服务本站不保存日志原文