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DESeq2 some values in assay are not integers

DESeq2 的原始 count assay 必须是非负整数,TPM、FPKM 和小数估计值不能直接输入。

DESeq2 count matrix non-integer values

这个报错是什么意思?

输入的是标准化表达量、比例值,或导入过程中被错误转换为小数。

先做这三个检查

  1. 确认矩阵来自原始 read/fragment counts。
  2. Salmon/Kallisto 结果使用 tximport 推荐流程导入。
  3. 不要简单 round TPM/FPKM;应回到原始计数重新构建对象。

可直接执行的检查命令

summary(counts)
any(counts < 0)
all(counts == round(counts))

日志更长,还是定位不准?

把完整报错前后关键行贴进诊断工具,自动区分环境问题、软件问题和真实硬件瓶颈。

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