DESeq2 every gene contains at least one zero
几何均值法在每个基因都含零值时无法估算 size factor。
every gene contains at least one zero DESeq2这个报错是什么意思？
数据极度稀疏，或错误地把单细胞计数直接套用常规 bulk RNA-seq 流程。
先做这三个检查
- 确认样本和基因过滤没有把矩阵变成异常稀疏。
- 适用时改用 type='poscounts' 估计 size factor。
- 单细胞数据应采用专门流程，避免机械套用 bulk DESeq2。
可直接执行的检查命令
rowSums(counts == 0)
sizeFactors(dds) <- estimateSizeFactors(dds, type = 'poscounts')日志更长，还是定位不准？
把完整报错前后关键行贴进诊断工具，自动区分环境问题、软件问题和真实硬件瓶颈。
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