Scanpy neighbors not found：先运行 pp.neighbors
UMAP、Leiden 和 PAGA 都依赖已计算的邻居图。
No neighbors found on adata Scanpy这个报错是什么意思？
尚未运行 sc.pp.neighbors，或复制/合并对象后 uns、obsp 中的图被清除。
先做这三个检查
- 确认 PCA 或所选 representation 已经存在。
- 重新计算邻居图并检查 neighbors_key。
- 在子集或批次校正后重新建图，不要沿用失效图结构。
可直接执行的检查命令
print(adata.uns_keys())
print(adata.obsp.keys())
sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=15, n_pcs=30)日志更长，还是定位不准？
把完整报错前后关键行贴进诊断工具，自动区分环境问题、软件问题和真实硬件瓶颈。
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留下手机号，我们会围绕“No neighbors found on adata Scanpy”核对环境与资源条件；需要迁移时，可一并评估 128G 生信服务器 3 天试用。
先判断是否真缺算力不自动开通付费服务本站不保存日志原文