Seurat SCT assay has multiple models with unequal library sizes
合并多个 SCTransform 对象后直接做差异分析，会因 SCT 模型测序深度不一致而报错。
SCT assay has multiple models with unequal library sizes这个报错是什么意思？
每个对象独立拟合了 SCT 模型，合并后 corrected counts 还没有统一重校正。
先做这三个检查
- 确认对象中确实包含多个 SCT model。
- 在 FindMarkers 前运行 PrepSCTFindMarkers。
- 子集对象再次比较时按官方建议设置 recorrect_umi。
可直接执行的检查命令
length(object[['SCT']]@SCTModel.list)
object <- PrepSCTFindMarkers(object)
FindMarkers(object, assay = 'SCT')日志更长，还是定位不准？
把完整报错前后关键行贴进诊断工具，自动区分环境问题、软件问题和真实硬件瓶颈。
人工复核 · 无需注册
命令跑完仍失败？让工程师帮你确认下一步
留下手机号，我们会围绕“SCT assay has multiple models with unequal library sizes”核对环境与资源条件；需要迁移时，可一并评估 128G 生信服务器 3 天试用。
先判断是否真缺算力不自动开通付费服务本站不保存日志原文