云生信学生物信息学

批量预测miRNA的靶基因的小贴士

作者:发布于 2024-06-11约 1 分钟阅读

经验分享:批量预测miRNA的靶基因可以使用starbase的API下载结果,for(i in 1:length(miRNAs_up)){
curl_download(url = paste0(“https://rnasysu.com/encori/api/miRNATarget/?assembly=“,
“mm10&geneType=mRNA&”,
“miRNA=”,
miRNAs_up[i],
“&clipExpNum=2&degraExpNum=2&pancancerNum=0&programNum=5&program=None&target=all&cellType=all”),
destfile = paste0(dest_dir, “/ENCORI_mm10_”, miRNAs_up[i], “_all.txt”))
}

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