独享服务器使用必读

一、命令行如何登录

1、普通windows电脑推荐使用:xshell 或 putty 登录 ;

  • Xshell下载链接:https://www.xshell.com/zh/free-for-home-school/
  • Putty下载链接:https://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/latest.html

也可以参考微信公众号-生信果的教程文章:putty的使用方法

2、mac本或linux系统的推荐使用 ssh 命令

  • 比如 sudo ssh szz123@114.236.141.194 -p 1234 #sudo 的密码是您自己mac本的密码。
  • 第二次密码是 szz123账户的密码 ,-p 是对应的端口,必须得有

二、Rstudio如何登录使用

1、Rstudio使用:直接复制链接,在浏览器中粘贴即可。(如果直接点击微信中的链接,可能会被屏蔽)

2、Rstudio 每次使用完记得清理缓存

  • 右上角账号名旁边的小红点,点击后关闭并重新打开R的界面,之前调用的函数等都会清除;
  • 缓存如果太大,特别是超过10G以上每次打开都都会很慢,甚至会打不开。

三、如何查看空间

命令行登录后运行 cd ~ 然后 du -h –max-depth=1 #查看使用的空间大小

  • du –h –max-depth=1 ~/.local/share/rstudio/
  • rm -rf ~/.local/share/rstudio/

这2个命令配合着删除rstudio的缓存,从而解决rstudio登录卡的问题

四、如何查看内存以及线程可以使用多少个?

推荐使用的是htop -u 用户名 #可以查看自己正在运行的所有程序。

五、如何传输数据

推荐使用filezilla :打开软件—左上角的“站点管理器”—协议选择SFTP

注意:协议一定要选择sftp

  • 填写主机,即对应的IP:114.236.141.194
  • 填写端口:等同于远程终端登录的端口
  • 输入用户和密码
  • 点击下方“连接” 即可登录。

filezilla使用截图说明

遇到连不上怎么解决?

  1. 根据报错信息,检查下截图的站点管理器的信息是否填写正确,特别是密码不能有空格一类的。
  2. 升级下filezilla软件。
  3. 检查自己的网络-如果有开VPN可以先关闭下。

六、如何后台运行命令

nohup 具体命令 & #后台运行,前端中断了也不会影响到后台的运行。

推荐预估大于24小时的程序都后台nohup运行,避免中途中断。

比如jupyter后台运行的命令是:

nohup jupyter notebook –no-browser –allow-root >~/jupyter1025.log 2>&1 &

七、数据备份问题

服务器没有备份功能,需要客户自行定期备份。建议每次运行完都备份下,推荐备份频率1个月一次。

八、网络问题

服务器带宽是150MB/s,因为网络是共享的,避免影响他人使用,每个用户下载设置网速不超过60M

比如ascp命令-l参数 60m以内:ascp -Q -T -l 30m -k1 -P33001 -i …. ,一次只运行一个,如果多任务的话,网速总和不超过规定的60M.

涉及到拷贝大容量的文件比如300G以上的推荐使用硬盘邮寄的方式拷贝.

九、软件R包安装问题

如果遇到需要协助安装的软件和包,微信小程序“生信问答”有对应的方法或者遇到问题的答案。也可以在这个上面提问,24小时内都会回答的。

实在解决不了的,微信群里反馈即可。一般都是当天完成,特殊情况的,最迟不超过24小时反馈,99%都是在当天完成。

十、共享资源情况

  • /media/share/biosoft/ 是一些常用的软件
  • /media/share/Rpackages/ 是一些大的R包如果没有装的话,sudo R CMD INSTALL package.tar.gz 安装下即可。
  • /media/share/refdata/ 是一些参考序列 如果有需要可以直接使用