独享服务器使用必读

2023-10-26

一、命令行如何登录

1、普通windows电脑推荐使用：xshell 或 putty 登录；

Xshell下载链接：https://www.xshell.com/zh/free-for-home-school/
Putty下载链接：https://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/latest.html

也可以参考微信公众号-生信果的教程文章：putty的使用方法

2、mac本或linux系统的推荐使用 ssh 命令

比如 sudo ssh szz123@114.236.141.194 -p 1234 #sudo 的密码是您自己mac本的密码。
第二次密码是 szz123账户的密码，-p 是对应的端口，必须得有

二、Rstudio如何登录使用

1、Rstudio使用：直接复制链接，在浏览器中粘贴即可。（如果直接点击微信中的链接，可能会被屏蔽）

2、Rstudio 每次使用完记得清理缓存

问题：缓存如果太大，特别是超过10G以上每次打开都都会很慢，甚至会打不开。

方法1：清空Rstudio右上角账号名旁边的小红点，点击后关闭并重新打开R的界面，之前调用的函数等都会清除；

清空rstudio，具体操作是Rstudio的登录账号右边的小红点-类似关机图标，提示退出，可以选择保存或不保存当前的环境。一般中间过程不重要的就都不保存选择Don’t save –start new session

方法2：也可以使用命令行来清理缓存

您先登录远程命令行终端（xshell 7类似工具）
运行 du -h −−max-depth=1 ~/.local/share/rstudio/ 确认下缓存大小，一般大于5G以上就是缓存的问题了。
运行删除命令 rm -rf ~/.local/share/rstudio/ 删除后无法恢复，主要是删除的是缓存包括未保存的Rstudio文档。删除后如果还转圈圈，可以进一步命令行输入kill.sh 根据提示输入Y 就可以杀掉Rstudio的进程，然后刷新网页就OK 了。

三、如何查看空间

3.1查看使用的空间大小

命令行登录后运行 cd ~ 回车然后 du -h −−max-depth=1

3.2查看rutudio缓存大小，并删除命令

du -h −−max-depth=1 ~/.local/share/rstudio/
rm -rf ~/.local/share/rstudio/

这2个命令配合着删除rstudio的缓存，从而解决rstudio登录卡的问题

四、如何查看内存以及线程可以使用多少个？

共享服务器内存以及线程使用数：单个账户推荐使用量：小于总内存或线程的30%，不允许超过50%
注意的是内存或者线程数任意一个都不允许超过规定的数字，主要是内存。

推荐使用的是htop -u 用户名 #可以实时查看自己正在运行的所有程序。（退出的快捷键是小写字母q）

也可以命令行输入ps -u `whoami` -o pid,pcpu,cmd –sort=-pcpu | awk ‘$2 > 1’ 会输出在运行的进程ID 和对应的命令

五、如何传输数据

推荐使用filezilla ：打开软件—左上角的“站点管理器”—协议选择SFTP

下载地址： https://filezilla-project.org/download.php?type=client #里面有windows以及mac格式的

注意：协议一定要选择sftp

填写主机，即对应的IP：114.236.141.194
填写端口：等同于远程终端登录的端口
输入用户和密码
点击下方“连接” 即可登录。

filezilla使用截图说明

遇到连不上怎么解决？

根据报错信息，检查下截图的站点管理器的信息是否填写正确，特别是密码不能有空格一类的。
升级下filezilla软件。
检查自己的网络-如果有开VPN可以先关闭下。

六、如何后台运行命令

nohup 具体命令 & #后台运行，前端中断了也不会影响到后台的运行。

推荐预估大于24小时的程序都后台nohup运行，避免中途中断。

比如jupyter后台运行的命令是：

nohup jupyter notebook –no-browser –allow-root >~/jupyter1025.log 2>&1 &

七、数据备份问题

服务器没有备份功能，需要客户自行定期备份。建议每次运行完都备份下,推荐备份频率1个月一次。

八、网络问题

服务器带宽是300MB/s，因为网络是共享的，避免影响他人使用，每个用户下载设置网速不超过50M。

比如ascp命令-l参数 50m以内：ascp -Q -T -l 50m -k1 -P33001 -i …. ，一次只运行一个，如果多任务的话，网速总和不超过规定的50M.

涉及到拷贝大容量的文件比如300G以上的推荐使用硬盘邮寄的方式拷贝.

九、软件R包安装问题

如果遇到需要协助安装的软件和包，微信小程序“生信问答”有对应的方法或者遇到问题的答案。也可以在这个上面提问，24小时内都会回答的。

实在解决不了的，微信群里反馈即可。一般都是当天完成，特殊情况的，最迟不超过24小时反馈，99%都是在当天完成。

十、共享资源情况

/media/share/biosoft/ 是一些常用的软件
/media/share/Rpackages/ 是一些大的R包如果没有装的话，sudo R CMD INSTALL package.tar.gz 安装下即可。
/media/share/refdata/ 是一些参考序列如果有需要可以直接使用