云生信,学生物信息学
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云生信 ·春
lasso回归模型筛选特征基因
cox回归筛选预后标记基因构建评分模型
自动化绘制套索算法回归模型图
DCA分析进行临床诊断和临床决策
基于预后生存和临床评价模型的一致性
DALEX残差分析进行模型评估
逐步回归法筛选基因构建Cox风险模型
经验贝叶斯SVM筛选疾病亚型基因
基于表达信息挖掘与靶基因相关的基因
云生信 ·夏
人工神经网络ANN分析用于疾病诊断
癌症分类预测标志物特征提取的SVM-RFE
RRA算法整合数据集
随机森林方法筛选诊断标志物
高通量数据样本相似性分析
单样本富集算法分析免疫细胞浸润丰度
基因富集分析
从差异基因筛选关键通路
基因表达矩阵分析药物反应的敏感性
云生信 · 秋
绘制差异基因其在染色体上的分布
不同物种之间的同源基因名称转换
基于基因突变信息分析肿瘤突变负荷
计算64种免疫细胞相对含量及可视化
基于甲基化数据评估肿瘤纯度及可视化
识别不同表型下的差异共表达关系
无监督聚类分析软件
线性判别分析筛选微生物biomarker
逆累计分布函数识别显著通路
云生信 · 迎新春
绘制突变综合性热图
Immunophenoscore分析工具
ggplot2绘制互作网络图
展示多时间点数据变化规律
高斯混合模型聚类AUC预测工具
利用cox模型筛选基因重要性
预测肿瘤样本药物敏感性分析工具
利用cox模型筛选基因重要性
高斯混合模型聚类AUC预测工具
构建免疫基因对分析工具
GiViTI校准曲线绘制分析工具
非比例风险生存模型预后分析工具
MCC算法构建预测模型
通过测试集和训练集寻找好的基因集合分析工具
年龄加速甲基化计算工具
通过测试集和训练集寻找好的基因集合分析工具
Lasso回归模型建立及变量筛选
分组抖动散点图+差异分析
桑葚图
弹性网络筛选分类工具
展示Meta分析结果的工具
根据kegg结果画多层富集图
基因在物种之间表达的保守性分析
利用Cmap输出文件画热图
转录调控网络regulon活性分析
饼图绘制
绘制带有生存信息的基因表达热图
ChIP-seq数据间的correlation图
PCA基因聚类图
多平台整合分析工具
差异表达基因富集分析工具
随机森林降维分析确定最优签名
多个热图绘制工具
绘制目的基因与通路的连线图
pca图绘制
训练公共数据集进行验证
boxdensity图
寻找大样本下的预后风险变点
多组数据回归分析的双向分面图
桑葚图
Boruta算法降维分析
待审
Boruta算法降维分析
平滑化的风险函数曲线
基因共识聚类分析
利用ROC寻找最佳cutoff
批量计算多基因逻辑回归工具
非监督共识聚类分析
比较不同分类模型一致性工具
比较不同分子分型之间差异
预后效果比较分析工具
绘制具有标记的时间柱状图
绘制随机森林散点图
单基因互作网络图
复杂相关性图
TMEboxplot图
绘制条件生存曲线工具
对随即生存分析森林进行降维
多分组变量绘制散点图
对不同分组tcga数据进行差异检验分析
蛋白互作网络图
ChIP-seq相关性热图
元素对角化热图
dendrogram.v1
生存分析风险计算工具
ggunchull给ScRNA聚类加个圈
iyun26Venn
iyun27jitter_group
根据gsea结果绘制多基因多样本相关性图
根据gsea结果绘制两基因相关性图
根据gsea结果寻找与目的基因强相关的基因
Volcanic map
根据gsva结果绘制两基因相关性图
根据gsva结果寻找与目的基因强相关的基因
计算tcga突变细胞免疫得分
umap算法降维分析工具
Calibration图
Stem网站分析结果展示工具
MulticlassedgeR
单细胞指定通路表达分析step1
绘制两个变量相关性的散点图
Stem网站分析结果展示工具
Stem网站分析结果展示工具
饼图
umap算法降维分析工具
calibration图
edgeR多组差异分析
通路聚类分析热图
68quadrant九宫格散点图
67fancybar条形图
66gviz信号峰图
65临床亚组生存分析
65临床亚组生存分析
64GSEA算法鉴定免疫相关的lncRNA
63sigHeatmap聚类热图
61转录因子cluster计算tumor index
54supervisedcluster聚类图
53Go聚类图
52bsea气泡图
51corrgram相关性
50GSEA热图
49mutationEvent相关性分析
48细胞亚型分析
47ucsc区域保守性
46单因素cox分析
ft45svm-rfe支持向量机的机器学习
44GEO数据下载
43triangle三角图
41词频检索
40双线相关图
39gsea基因集富集分析
38单细胞分析
37表达量热图
37表达量热图
36iClusterPlus整合多种基因组数据
36iClusterPlus整合多种基因组数据
35基因区域信号绘制
34提取基因位置信息
SVM预后分析工具step3
按照自定义顺序绘制聚类热图
评价基因对免疫浸润的影响
SVM预后分析工具step3
SVM预后分析工具step2
SVM预后分析工具step1
33oncoPrint瀑布图
32字符转0、1矩阵
32字符转0、1矩阵
31count转FPKM
30TCGA数据下载
29gff3文件计算基因有效长度
28dca决策曲线
27Go排序
26Rcircos
25sanky桑基图
24count转TPM
23FPKM转TPM
23count数据转TPM
22WGCNA分析
21circos图
20GSEA基因集富集分析
19差异基因表达箱型图
18GO富集气泡图
18Go富集气泡图
17染色体分布
16聚类热图
15PSM倾向评分匹配法
14随机森林
13生存分析
10分组热图
09fasta序列多重比对
用GEO数据计算mDNAsi画图
07质控箱型图
针对多分组样本的转录组画热图
60scCNV
双变量做回归分析
绘制小提琴箱型图
单细胞指定通路表达分析step3
单细胞指定通路表达分析step2
单细胞指定通路表达分析step1
免疫浸润样本分类
10X单细胞数据常规分析
相关性系数气泡图
相关性气泡图
pathwayscore热图
在LASSO降维后以RF方法对目的基因进行评估
风险因子关联图
ft04post-hot分析图
ft06物种丰度图
ft04post-hot分析图
ft05配对云雨图
ft04post-hot分析图
ft04post-hot分析图
ft04post-hot分析图
ft03配对箱型图
ft01双线火山图
预测某样本亚型对免疫治疗的响应step3
预测某样本亚型对免疫治疗的响应step2
预测某样本亚型对免疫治疗的响应step1
multilinearDE做差异表达分析热图
multilinearDE做差异表达分析热图
用edgeR实现多组差异分析数据标准化
用limma实现多组差异分析数据标准化
DESeq2实现多组差异分析,数据标准化
表达谱样本聚类supervisedCluster
寻找突变亚型标签
CNV
待审
比较TCGA数据多分期多分型中目的基因表达量
绘制TCGA数据的复杂热图
CNV
表型与突变相关性热图
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