共享服务器使用必读

一、命令行如何登录

1、普通windows电脑推荐使用xshell 7 或 putty 登录 

  • Xshell下载链接:https://www.xshell.com/zh/free-for-home-school/
  • Putty下载链接:https://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/latest.html

2、mac本或linux系统的推荐使用 ssh 命令:

  • 比如 sudo ssh szz123@114.236.141.194 -p 1234 #sudo 的密码是您自己mac本的密码。
  • 第二次密码是 szz123账户的密码 ,-p 是对应的端口 必须得有

二、Rstudio如何登录使用

1、Rstudio使用:直接复制链接,在浏览器中粘贴即可。(如果直接点击微信中的链接,可能会被屏蔽)

2、Rstudio 每次使用完记得清理缓存 

 问题:缓存如果太大,特别是超过10G以上每次打开都都会很慢,甚至会打不开。

方法1清空Rstudio右上角账号名旁边的小红点,点击后关闭并重新打开R的界面,之前调用的函数等都会清除;

  • 清空rstudio,具体操作是Rstudio的登录账号右边的小红点-类似关机图标,提示退出,可以选择保存或不保存当前的环境。一般中间过程不重要的就都不保存 选择Don’t save –start new session

方法2:也可以使用命令行来清理缓存

  • 您先登录远程命令行终端(xshell 7类似工具)
  • 运行du  -h –max-depth=1  ~/.local/share/rstudio/ 确认下缓存大小,一般大于5G以上就是缓存的问题了。
  • 运行删除命令 rm -rf  ~/.local/share/rstudio/  删除后无法恢复,主要是删除的是缓存包括未保存的Rstudio文档。  删除后如果还转圈圈,可以进一步命令行输入kill.sh 根据提示输入Y 就可以杀掉Rstudio的进程,然后刷新网页就OK 了。

三、如何查看空间

3.1查看使用的空间大小

命令行登录后运行 cd ~ 回车然后 du -h –max-depth=1 

3.2查看rutudio缓存大小,并删除命令

  • du  -h –max-depth=1  ~/.local/share/rstudio/
  • rm -rf ~/.local/share/rstudio/

这2个命令配合着删除rstudio的缓存,从而解决rstudio登录卡的问题

四、如何查看内存以及线程可以使用多少个?

  • 共享服务器内存以及线程使用数:单个账户推荐使用量:小于总内存或线程的30%,不允许超过50% 
  • 注意的是内存或者线程数任意一个都不允许超过规定的数字,主要是内存。

推荐使用的是htop -u 用户名 #可以实时查看自己正在运行的所有程序。(退出的快捷键是 小写字母q)

也可以命令行输入ps -u `whoami` -o pid,pcpu,cmd –sort=-pcpu | awk ‘$2 > 1’ 会输出在运行的进程ID 和对应的命令

五、如何传输数据

推荐使用filezilla :打开软件—左上角的“站点管理器”—协议选择SFTP

下载地址: https://filezilla-project.org/download.php?type=client   #里面有windows以及mac格式的

注意点:协议一定是SFTP才可以

  • 填写主机,即对应的IP:114.236.141.194
  • 填写端口:等同于远程终端登录的端口
  • 输入用户和密码
  • 点击下方“连接” 即可登录。

filezilla使用截图说明

遇到连不上怎么解决?

  1. 根据报错信息,检查下截图的站点管理器的信息是否填写正确,特别是密码不能有空格一类的。
  2. 升级下filezilla软件。
  3. 检查自己的网络-如果有开VPN可以先关闭下。

六、如何后台运行命令

nohup 具体命令 & #后台运行,前端中断了也不会影响到后台的运行。

推荐预估大于24小时的程序都后台nohup运行,避免中途中断。

比如jupyter后台运行的命令是:

nohup jupyter notebook –no-browser –allow-root >~/jupyter1025.log 2>&1 &

七、数据备份问题

服务器没有备份功能,需要客户自行定期备份。建议每次运行完都备份下,推荐备份频率1个月一次。

八、网络问题

服务器带宽是300MB/s,因为网络是共享的,避免影响他人使用,每个用户下载设置网速不超过50M

比如ascp命令-l参数 50m以内:ascp -Q -T -l 50m -k1 -P33001 -i …. ,一次只运行一个,如果多任务的话,网速总和不超过规定的50M.

涉及到拷贝大容量的文件比如300G以上的推荐使用硬盘邮寄的方式拷贝.

九、共享和独享服务器的区别

  • 共享:优势资源最大化,价格便宜。缺点就是多人使用,难免会有冲突,以及项目排队,资源不够分配等问题。以及同时使用一个程序,不稳定性也会增加,比如R包和Rstudio的升级或其他软件及依赖环境的更新,有一定概率会影响到已有程序的运行。甚至个别某个用户运行的程序导致服务器宕机等问题。
  • 独享:自己独立使用不会受其他用户干扰,特别是运行超长时间的任务。 独享服务器咨询对应的业务经理

十、软件R包安装问题

如果遇到需要协助安装的软件和包,微信小程序“生信问答”有对应的方法或者遇到问题的答案。也可以在这个上面提问,24小时内都会回答的。

实在解决不了的,微信群里反馈即可。一般都是当天完成,特殊情况的,最迟不超过24小时反馈,99%都是在当天完成。