一、如何通过命令行登录服务器
🖥️ Windows 用户推荐使用以下终端软件：
| 软件 | 下载链接 |
|---|---|
| Xshell（免费版） | https://www.xshell.com/zh/free-for-home-school |
| Mobaxterm（Home 版） | https://mobaxterm.mobatek.net/download-home-edition.html |
| FinalShell（跨平台支持 Windows/macOS/Linux） | https://www.hostbuf.com/t/988.html |
📖 推荐阅读教程：微信公众号 – 服务器使用教程
示例: Mobaxterm
示例:FinalShell
💻 macOS / Linux 用户：
可直接使用 FinalShell 或终端 ssh 命令登录：
ssh szz123@114.236.141.195 -p 1234说明：
- 输入：服务器账户
szz123的登录密码, 输入时密码为隐藏, 建议采取复制粘贴的形式。 -p 1234：指定 SSH 端口，必须加上。
二、Rstudio如何登录使用
1、Rstudio使用：直接复制微信群中提供的链接，在浏览器中粘贴即可。（如果直接点击微信中的链接，可能会被屏蔽）
注意: 使用 RStudio Server 时需要特别注意的几点事项
- 浏览器关闭可能导致任务中断 虽然 RStudio Server 运行在服务器上，但其会话依赖于用户的浏览器连接。如果用户关闭网页、网络异常，或者长时间无操作，会话有可能被系统自动终止，进而导致任务中断、数据丢失。这类情况并非系统故障，而是 RStudio 的设计限制所致。
- 建议使用后台任务方式运行耗时操作 对于执行时间较长、计算资源占用较大的任务，建议使用后台运行方式（如
nohup Rscript ... &、screen或tmux）。这样即使关闭网页或断网，任务也不会中断，更适合运行数据预处理、模型训练等关键步骤。 - R 崩溃多因资源问题或底层冲突，建议及时保存数据通常在使用 RStudio Server 时，偶尔会出现 R 崩溃（如“R session disconnected”或“R session Crashd” 见下图），其常见原因包括：内存不足：处理大型数据、复杂图形或并行计算时，可能瞬间耗尽系统资源；底层 Bug 或代码包冲突：部分 R 包在调用底层 C/C++ 接口时可能导致非预期错误，进而导致 R 内核崩溃。这类问题在技术上很难完全避免。因此，我们建议用户在进行复杂分析或内存占用较高的操作前，务必提前保存工作数据和中间结果（如使用
saveRDS()、save.image()等方式），以降低数据丢失的风险。同时，将核心流程整理为脚本并通过后台运行，是提升稳定性的有效方法。
2、Rstudio 每次使用完记得清理缓存
问题：缓存如果太大，特别是超过10G以上每次打开都都会很慢，甚至会打不开。
方法1：清空Rstudio右上角账号名旁边的小红点，点击后关闭并重新打开R的界面，之前调用的函数等都会清除；
- 清空rstudio，具体操作是Rstudio的登录账号右边的小红点-类似关机图标，提示退出，可以选择保存或不保存当前的环境。一般中间过程不重要的就都不保存 选择Don’t save –start new session
当遇到如下情况 需要使用 方法2
方法2：也可以使用命令行来清理缓存
- 您先登录远程命令行终端（xshell 7类似工具）
- 运行
du -h −−max-depth=1 ~/.local/share/rstudio/确认下缓存大小，一般大于5G以上就是缓存的问题了。 - 运行删除命令
rm -rf ~/.local/share/rstudio/删除后无法恢复，主要是删除的是缓存包括未保存的Rstudio文档。 删除后如果还转圈圈，可以进一步命令行输入kill.sh 根据提示输入Y 就可以杀掉Rstudio的进程，然后刷新网页就OK 了。
三、如何查看空间
🔹 查看主目录下各文件夹的空间占用：(需要通过xshell/mobaxterm等方式连接上服务器之后执行)
du -h ~/ --max-depth=1说明：
- 显示各文件夹的空间使用情况，有助于定位大文件。
四、如何查看内存以及线程可以使用多少个？
- 共享服务器内存以及线程使用数：单个账户推荐使用量：小于总内存或线程的30%，不允许超过50%
- 注意的是内存或者线程数任意一个都不允许超过规定的数字，主要是内存。
推荐使用的是htop -u 用户名 #可以实时查看自己正在运行的所有程序。（退出的快捷键是 小写字母q）
也可以命令行输入ps -u `whoami` -o pid,pcpu,cmd –sort=-pcpu | awk ‘$2 > 1’ 会输出在运行的进程ID 和对应的命令
五、如何传输数据
推荐使用filezilla ：打开软件—左上角的“站点管理器”—协议选择SFTP
下载地址： https://filezilla-project.org/download.php?type=client #里面有windows以及mac格式的
注意点：协议一定是SFTP才可以
- 填写主机，即对应的IP如：114.236.141.195 (仅为示例,实际IP可能不同)
- 填写端口：等同于远程终端登录的端口
- 输入用户和密码
- 点击下方“连接” 即可登录。
遇到连不上怎么解决？
- 根据报错信息，检查下截图的站点管理器的信息是否填写正确，特别是密码不能有空格一类的。
- 升级下filezilla软件。
- 检查自己的网络-如果有开VPN可以先关闭下。
六、如何后台运行命令
✅ 格式：
nohup [你的命令] > output.log 2>&1 &说明：
nohup：防止终端断开导致任务中断> output.log：保存输出日志2>&1：合并错误输出&：后台运行
✅ 推荐用途：
运行时间 > 24 小时的任务，必须使用后台运行以防中断。
✅ 示例：
nohup jupyter notebook --no-browser --allow-root > ~/jupyter.log 2>&1 &查看进程或日志：
ps aux | grep jupyter
tail -f ~/jupyter.log七、数据备份问题
服务器不提供自动备份功能，请用户自行定期备份数据。
- 📦 建议频率：至少每周一次
- 📤 每次使用结束后都应备份关键结果文件
八、网络问题
- 服务器总带宽：300Mbps（共享）
- 单用户下载限制：不超过 50Mbps
示例：
ascp -Q -T -l 50m -k1 -P 33001 -i ... # -l 限速为 50m⚠️ 多任务总速率也不得超过 50Mbps。
📦 对于超过 300GB 的数据传输，建议使用 硬盘快递。
九、共享和独享服务器的区别
- 共享：优势资源最大化，价格便宜。缺点就是多人使用，难免会有冲突，以及项目排队，资源不够分配等问题。以及同时使用一个程序，不稳定性也会增加，比如R包和Rstudio的升级或其他软件及依赖环境的更新，有一定概率会影响到已有程序的运行。甚至个别某个用户运行的程序导致服务器宕机等问题。
- 独享：自己独立使用不会受其他用户干扰，特别是运行超长时间的任务。 独享服务器咨询对应的业务经理
十、软件R包安装问题
如果遇到需要协助安装的软件和包，微信小程序“生信问答”有对应的方法或者遇到问题的答案。也可以在这个上面提问，24小时内都会回答的。
实在解决不了的，微信群里反馈即可。一般都是当天完成，特殊情况的，最迟不超过24小时反馈，99%都是在当天完成。