📖 推荐阅读教程：微信公众号 – 服务器使用教程 – (xshell, filezilla, vscode等工具使用视频教程)
服务器使用过程中, 建议关闭VPN , VPN的波动会导致大量奇怪的错误问题, 如任务莫名其妙中断, rstudio报错等问题, 或可将服务器ip加入直连白名单
如 IP-CIDR,218.205.37.73/32,DIRECT
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- RStudio登录与使用
- 数据传输到服务器FileZilla
- 通过SSH命令行登录服务器
- 查看空间占用
- 查看内存与线程使用
- 后台运行命令
- 数据备份注意
- 网络问题与超大数据传输
- 共享与独享服务器的区别
- 软件与R包安装问题
- rstudio常见问题(!!必看!!)
一、Rstudio如何登录使用
1、Rstudio使用：直接复制微信群中提供的链接，在浏览器中粘贴即可, 账号密码为微信中发送的服务器信息结尾。（如果直接点击微信中的链接，可能会被屏蔽）
注意: 使用 RStudio Server 时需要特别注意的几点事项
- 浏览器关闭可能导致任务中断 虽然 RStudio Server 运行在服务器上，但其会话依赖于用户的浏览器连接。如果用户关闭网页、网络异常，或者长时间无操作，会话有可能被系统自动终止，进而导致任务中断、数据丢失。这类情况并非系统故障，而是 RStudio 的设计限制所致。
- 建议使用后台任务方式运行耗时操作 对于执行时间较长、计算资源占用较大的任务，建议使用后台运行方式（如
nohup Rscript ... &、screen或tmux）。这样即使关闭网页或断网，任务也不会中断，更适合运行数据预处理、模型训练等关键步骤。 - R 崩溃多因资源问题或底层冲突，建议及时保存数据通常在使用 RStudio Server 时，偶尔会出现 R 崩溃（如“R session disconnected”或“R session Crashd” 见下图），其常见原因包括：内存不足：处理大型数据、复杂图形或并行计算时，可能瞬间耗尽系统资源；底层 Bug 或代码包冲突：部分 R 包在调用底层 C/C++ 接口时可能导致非预期错误，进而导致 R 内核崩溃。这类问题在技术上很难完全避免。因此，我们建议用户在进行复杂分析或内存占用较高的操作前，务必提前保存工作数据和中间结果（如使用
saveRDS()、save.image()等方式），以降低数据丢失的风险。同时，将核心流程整理为脚本并通过后台运行，是提升稳定性的有效方法。
2、Rstudio 每次使用完记得清理缓存
问题：缓存如果太大，特别是超过10G以上每次打开都都会很慢，甚至会打不开。
方法1：清空Rstudio右上角账号名旁边的小红点，点击后关闭并重新打开R的界面，之前调用的函数等都会清除；
- 清空rstudio，具体操作是Rstudio的登录账号右边的小红点-类似关机图标，提示退出，可以选择保存或不保存当前的环境。一般中间过程不重要的就都不保存 选择Don’t save –start new session
当遇到如下情况 需要使用 方法2
千万不要点击 safe mode (安全模式) 不会保存缓存 意外关掉之后缓存自动丢失!!! 此模式仅做调整设置使用
方法2：也可以使用命令行来清理缓存(指定一定要完全一样 一旦不一样有误删数据的风险 无法找回)
- 您先登录远程命令行终端（xshell 7类似工具）
- 运行
du -h −−max-depth=1 ~/.local/share/rstudio/确认下缓存大小，一般大于5G以上就是缓存的问题了。 - 运行删除命令
rm -rf ~/.local/share/rstudio/删除后无法恢复，主要是删除的是缓存包括未保存的Rstudio文档。 - 删除后必须进一步命令行输入 kill.sh 根据提示输入Y 就可以杀掉Rstudio的进程，然后刷新网页就OK 了。
还有一种奇怪的情况：尝试了清缓存、删除目录、其他一系列操作都无效，且仍然无法加载进去。
需要关闭下rstudio本身的缓存自动加载策略，这种情况下直接进是加载不进去的，所以需要通过安全模式 即 safe mode 才能进去改这个设置 安全模式的作用和意义也在于此
二、如何传输数据
推荐使用filezilla ：打开软件—左上角的“站点管理器”—协议选择SFTP
- 官网下载：支持 Windows、 macOS、Linux等
- windows https://filezilla-project.org/download.php?type=client
- macos-intel https://filezilla-project.org/download.php?platform=osx
- macos-(m1,m2,m3) https://filezilla-project.org/download.php?platform=macos-arm64
注意点：协议一定是SFTP才可以
- 填写主机，即对应的IP如：114.236.141.195 (仅为示例,实际IP可能不同)
- 填写端口：等同于远程终端登录的端口
- 输入用户和密码
- 点击下方“连接” 即可登录。
遇到连不上怎么解决？
- 根据报错信息，检查下截图的站点管理器的信息是否填写正确，特别是密码不能有空格一类的。
- 升级下filezilla软件。
- 检查自己的网络-如果有开VPN可以先关闭下。
三、如何通过ssh命令行登录服务器
🖥️ Windows 用户推荐使用以下终端软件：
| 软件 | 下载链接 |
|---|---|
| Xshell（免费版） | https://www.xshell.com/zh/free-for-home-school |
| Mobaxterm（Home 版） | https://mobaxterm.mobatek.net/download-home-edition.html |
| FinalShell（跨平台支持 Windows/macOS/Linux） | https://www.hostbuf.com/t/988.html |
📖 推荐阅读教程：微信公众号 – 服务器使用教程 – (xshell, filezilla, vscode等工具使用视频教程)
示例: Mobaxterm
示例:FinalShell
💻 macOS / Linux 用户：
可直接使用 FinalShell 或终端 ssh 命令登录：
ssh szz123@114.236.141.195 -p 1234说明：
- 输入：服务器账户
szz123的登录密码, 输入时密码为隐藏, 建议采取复制粘贴的形式。 -p 1234：指定 SSH 端口，必须加上。
四、如何查看空间
🔹 查看主目录下各文件夹的空间占用：(需要通过xshell等工具连接上服务器之后执行)
du -h ~/ --max-depth=1说明：
- 显示各文件夹的空间使用情况，有助于定位大文件。
也可以在R语言中调用系统指令查看（linux）
system("du -h ~/ --max-depth=1")
五、如何查看内存以及线程可以使用多少个？
- 共享服务器内存以及线程使用数：单个账户推荐使用量：小于总内存或线程的30%，不允许超过50%
- 注意的是内存或者线程数任意一个都不允许超过规定的数字，主要是内存。
推荐使用的是htop -u 用户名 #可以实时查看自己正在运行的所有程序。（退出的快捷键是 小写字母q）
也可以命令行输入ps -u `whoami` -o pid,pcpu,cmd –sort=-pcpu | awk ‘$2 > 1’ 会输出在运行的进程ID 和对应的命令
六、如何后台运行命令
✅ 格式：
nohup [你的命令] > output.log 2>&1 &说明：
nohup：防止终端断开导致任务中断> output.log：保存输出日志2>&1：合并错误输出&：后台运行
✅ 推荐用途：
运行时间 > 24 小时的任务，必须使用后台运行以防中断。
✅ 示例：
run_nmf.R 是需要运行的R脚本
# 这样是带输出日志
nohup Rscript run_nmf.R > output.log 2>&1 &查看进程或日志：
ps aux | grep jupyter
tail -f ~/jupyter.log七、数据备份问题
服务器不提供自动备份功能，请用户自行定期备份数据。
- 📦 建议频率：至少每周一次
- 📤 每次使用结束后都应备份关键结果文件
八、网络问题
- 服务器总带宽：300Mbps（共享）
- 单用户下载限制：不超过 50Mbps
示例：
ascp -Q -T -l 50m -k1 -P 33001 -i ... # -l 限速为 50m⚠️ 多任务总速率也不得超过 50Mbps。
📦 1. filezilla 实测传输速度 1~5MB/s 是正常情况 （真实速度取决于 服务器以及终端双方的网络）
2. 数据量大的, 传输慢, 支持百度网盘或夸克网盘分享链接, 技术老师协助上传到服务器
3. 大于1T的也支持邮寄硬盘
九、共享和独享服务器的区别
- 共享：优势资源最大化，价格便宜。缺点就是多人使用，难免会有冲突，以及项目排队，资源不够分配等问题。以及同时使用一个程序，不稳定性也会增加，比如R包和Rstudio的升级或其他软件及依赖环境的更新，有一定概率会影响到已有程序的运行。甚至个别某个用户运行的程序导致服务器宕机等问题。
- 独享：自己独立使用不会受其他用户干扰，特别是运行超长时间的任务。 独享服务器咨询对应的业务经理
十、软件R包安装问题
如果遇到需要协助安装的软件和包，微信小程序“生信问答”有对应的方法或者遇到问题的答案。也可以在这个上面提问，24小时内都会回答的。
实在解决不了的，微信群里反馈即可。一般都是当天完成，特殊情况的，最迟不超过24小时反馈，99%都是在当天完成。
rstudio常见问题(!!必看!!)
Q1: RStudio Server 是否支持自动后台运行？
也就是说，当我在 RStudio Server 中提交一个长时间运行的任务后，是否可以直接关闭浏览器或断开连接，而任务仍然能够继续在后台运行，不被中断？
A: RStudio Server 本身不会自动将任务转为后台运行，但你可以手动控制任务在后台运行，从而在关闭浏览器或断开连接后仍保持程序继续执行。包括Terminal 也是需要搭配screen 才能一直运行 默认不具备自动后台的功能
🔍 关键结论：
- 交互式代码（如 Console 中运行的）：直接运行的代码（例如
plot(...)或long_running_function()）会在你关闭浏览器时被终止，因为它们依赖当前 R 会话。 - 非交互式后台运行：你需要使用特殊方式提交任务。
✅ 解决方案（推荐使用 nohup 或 screen/tmux）
✅ 方法1：使用 nohup Rscript（最简单）
# 1. 写一个 .R 脚本，比如 my_script.R：
# my_script.R
Sys.sleep(3600) # 假设你需要运行1小时
write("任务完成", file = "done.txt")
# 2. 在 RStudio Server 的 Terminal 中运行：
nohup Rscript my_script.R > output.log 2>&1 &
这会将任务放入后台，即使你关闭浏览器也会继续运行。✅ 方法2：使用 screen 或 tmux
这适合你要运行交互式任务（比如调试或手动操作）：
screen -S myjob
R
source("my_script.R")
# 运行中时，按 Ctrl+A 然后按 D 可以断开 screen
# 之后可以用 screen -r myjob 恢复✅ 方法3：使用 future 包后台异步执行
在 R 内部：
library(future)
plan(multisession)
future({
# 你的耗时任务
Sys.sleep(3600)
write("完成", file = "done.txt")
})但注意：这种方法也依赖当前 R 会话，不能关闭浏览器或断线。更推荐使用前两种 Linux 层的后台方式。
🚫 不推荐的方法
- 在 Console 中直接运行
source("my_script.R")：浏览器一关闭，任务就会中断。 - R Markdown 中运行耗时代码：也会在 session 中断时失败，除非使用
nohup+rmarkdown::render()方式后台运行。
Q2: 如何处理如下错误？Error: Status code 502 returned by RStudio Server when executing 'console_input' 或crash相关字样
该错误通常在提交代码一段时间后出现，或任务运行到一半时 RStudio 页面突然卡住、断开连接。
| 可能原因 | 说明 |
|---|---|
| ⛔ 运行超大任务 | 内存爆了、CPU占满，R 被系统强杀（如 OOM） |
| 🔄 会话冲突崩溃 | RStudio Server 由于plot或代码问题崩溃 |
| ❌ 浏览器关闭、任务未后台运行 | 你关闭浏览器导致任务中断，未使用 nohup 等后台机制 |
| 💣 R 包或代码异常 | 某些包或函数引发 segmentation fault（崩溃） |
| 🔌 网络问题 | 与服务器通信中断（如远程连接不稳定）VPN等 |
✅ 1. 确认是否只是会话中断
✅ 2. 大任务改用后台执行
- 将任务写为脚本用
nohup执行：nohup Rscript my_script.R > out.log 2>&1 &
✅ 3. 联系管理员反馈(在微信售后群中反馈即可)
✅ 小结一句话
502 错误说明你的 R 会话已断开或崩溃，通常是因为资源耗尽或任务没放后台运行。解决方法是用脚本配合 nohup 后台执行，查看日志定位问题，优化任务运行。生信分析本来就不易，一步步排查就好。
服务器及rstudio使用常见问题及答案:
Q1:
ideasError in (function (A, nv = 5, nu = nv, maxit = 1000, work = nv + 7, reorth = TRUE, : 程序包‘as_cholmod_sparse’不提供‘Matrix’这样的函数
A1:
GPT可能会误报 提示Matrix版本需要降低 但是monocle3并无强制要求 实际则为这包起到的桥梁作用失效 直接重装即可
install.packages(“irlba”, type = “source”)
Q2:
rstudio 在绘图调用plot时 疯狂崩溃 plot一下就崩溃了 显示crash等字样 按照下图修改即可
Q3:
xshell每次右键复制很讨厌 点来点去 推荐修改此处设置 上方黄色及下方红色框
Q4:
rstudio上内存统计图代表什么?
Q5:
怎么修改R包版本? 为什么修改后没有效果?
众所周知 R是会话型语言 每次加载的内容都需要通过重启R才能清理掉
那么举例子 我们去切换SeuratV4和SeuratV5
默认版本如为V4 我们则直接执行下面三行安装V5的包 (租用服务器后 在服务器内可直接使用)
install.packages("http://iyun70.com:8011/softs/Rpackages/Seurat/V5/Matrix_1.6-5.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
install.packages("http://iyun70.com:8011/softs/Rpackages/Seurat/V5/SeuratObject_5.0.2.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
install.packages("http://iyun70.com:8011/softs/Rpackages/Seurat/V5/Seurat_5.1.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")默认版本如为V5 我们则直接执行下面三行安装V4的包
install.packages("http://iyun70.com:8011/softs/Rpackages/Seurat/V4/Matrix_1.6-1.1.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
install.packages("http://iyun70.com:8011/softs/Rpackages/Seurat/V4/SeuratObject_4.1.4.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
install.packages("http://iyun70.com:8011/softs/Rpackages/Seurat/V4/Seurat_4.4.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
# seurat-data也要改
install.packages("http://iyun70.com:8011/softs/Rpackages/Seurat/V4/seurat-data_v0.2.1.tar.gz", repos = NULL, type = "source")切换版本如果还是爆粗 但是也清缓存了 那么需要重装一下这个包
install.packages("http://iyun70.com:8011/softs/Rpackages/Seurat/igraph_1.3.5.tar.gz", repos = NULL, type = "source")接下来是重点 我们必须执行清理缓存
Q6:
conda安装软件总是失败
# 执行安装 fastqc
conda install fastqc
Channels:
- defaults
- conda-forge
Platform: linux-64
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: failed
PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:
- fastqc
Current channels:
- defaults
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
To search for alternate channels that may provide the conda package you're
looking for, navigate to
https://anaconda.org
and use the search bar at the原因是没有添加默认通道 需要手动指定对应的通道 可以参考如下图的查找方式
conda install -c bioconda fastqc
# 或使用mamba包管理器速度更快
mamba install -c bioconda fastqc