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期刊简介
Biomedicine & Pharmacotherapy
ISSN：0753-3322
影响因子：7.5
分区：JCR Q1；中科院二区
年文章量：1500篇左右
收录范围：主要发表临床、基础医学和药理学的研究报告、综述和初步通讯或致编辑的信函。
一般感兴趣的领域将包括癌症，营养学，神经退行性疾病，心脏和传染病。
审稿周期：审稿周期中位数是49天，接收函周期中位数56天，在线出版周期中位数6天
版面费：$3420
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题目：代谢组学和网络药理学揭示川博皂苷VI的抗血栓作用机制
发表时间：2024.4
关注公众号，后台发送“123”可以直接获取原文PDF，文献编号：240520
研究背景
续断可能具有抗血栓作用，其主要活性成分之一是Asperosaponin VI（续断皂苷VI）。然而，续断皂苷VI的抗血栓作用和药理学机制尚不清楚。
研究思路
体内实验研究：通过体内实验展示了Asperosaponin VI的抗血栓活性，包括抗凝血特性，以及对小鼠急性肺血栓形成的影响。
药物动力学评估：使用SWISS ADME工具评估Asperosaponin VI的药物动力学，包括口服生物利用度和静脉注射给药的适用性。
代谢组学分析：利用代谢组学方法分析Asperosaponin VI对小鼠急性肺栓塞模型的代谢产物变化，以揭示其潜在的抗血栓途径。
网络药理学分析：通过预测Asperosaponin VI的相关靶点，并进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析，探索其抗血栓机制。
分子对接：对Asperosaponin VI与关键靶点的分子对接研究，以验证其与靶点的结合能力。
抗血小板聚集活性验证：通过体外实验验证Asperosaponin VI对血小板聚集的影响，以确定其抗血栓效果是否通过抗血小板聚集实现。
主要结果
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静脉注射是续断皂苷VI的适宜给药途径
研究者使用了SwissADME这一在线工具来评估Asperosaponin VI的药物动力学特性，包括其在胃肠道的吸收情况、进入大脑的穿透能力以及口服生物利用度。通过分析，发现Asperosaponin VI的口服生物利用度较低。因此，研究者转而考虑其他给药途径。通过静脉注射给药后进行的凝血时间测试显示，Asperosaponin VI显著增加了凝血时间，表明其在体内具有抗凝血效果。基于这些发现，静脉注射是Asperosaponin VI的适宜给药途径。
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Asperosaponin VI 的抗凝血和抗血栓特性
经典凝血试验表明，Asperosaponin VI 处理显着延长 APTT 和凝血酶时间 (TT)，表明 Asperosaponin VI 具有抗凝血活性。
Asperosaponin VI 显着抑制小鼠体内胶原蛋白/肾上腺素诱导的急性肺血栓形成。Asperosaponin VI 增加了小鼠的存活率并显着减少了血栓形成。
在急性肺栓塞小鼠中，Asperosaponin VI降低了肺系数和TXB2、6-keto-F1α和6-keto-F1α/TXB2水平。
Asperosaponin VI 显着抑制 ADP 诱导的急性栓塞。恢复百分比增加，恢复时间缩短。
通过测量关键血流动力学参数，研究了 Asperosaponin VI 抑制血栓形成的机制。经典凝血测定表明，Asperosaponin VI 增加活化部分凝血活酶时间（APTT）、凝血酶时间（TT）、凝血酶原时间（PT）和纤维蛋白原时间（FT）。Asperosaponin VI治疗组的平均血小板体积（MPV）、血小板比容（PCT）和血细胞比容（HCT）百分比显着下降，而PLT和红细胞计数显着增加。
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利用代谢组学探索 Asperosaponin VI 的抗血栓途径
为了探索Asperosaponin VI的潜在抗血栓途径，在急性肺栓塞动物模型中分析了Asperosaponin VI、阴性对照组和阳性对照组的代谢变化。结果显示Asperosaponin VI通过改变异常的代谢状态对急性肺栓塞具有显着的作用。Asperosaponin VI 可改善 APE 病理学。HMDB 和 Metlin 数据库中鉴定出了其中 25 种代谢物。
基于MetaboAnalyst 5.0的Met PA分析，相关生物标志物主要涉及以下通路：不饱和脂肪酸生物合成、苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸生物合成、亚油酸代谢、苯丙氨酸代谢、甘油磷脂代谢、花生四烯酸代谢、泛醌等萜醌生物合成、α-亚麻酸代谢和组氨酸代谢。
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基于网络药理学探索Asperosaponin VI的抗血栓通路
为了进一步探索Asperosaponin VI的抗血栓途径，使用SwissTargetPrediction基于网络药理学预测了100个Asperosaponin VI靶点。
利用GO和KEGG分析寻找Asperosaponin VI的潜在靶点，并对BP、CC和MF的100个潜在靶点进行GO富集分析。
GeneCards 数据库产生了 1271 个与急性肺栓塞相关的基因和 4532 个与凝血相关的基因。在潜在的急性肺栓塞靶标、凝血靶标和Asperosaponin VI靶标中确定了28个共同靶标。应用 GO 富集分析来识别与 28 个潜在靶标相关的 BP、细胞成分 (CC) 和 MF。KEGG分析提示，共同靶点可能主要通过激活血小板、TNF、HIF-1、VEGF、cGMP-PKG等信号通路来调节血栓形成。
为了研究Asperosaponin VI的抗炎靶点，对具有高度值的关键靶点进行了分子对接。推断Asperosaponin VI与关键靶基因（F2、PTPRC、JUN、STAT3、SRC、AKT1）的转录蛋白结合的能量低于-10 kcal/mol。此外，大多数核心靶蛋白的结合能小于零，表明化合物与核心靶基因之间的关键附着。
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Asperosaponin VI 通过抗血小板聚集发挥抗血栓作用
代谢组学和网络药理学结果表明 Asperosaponin VI 可能通过抗血小板聚集发挥抗血栓作用。因此，抗血小板聚集活性得到验证。在体外，Asperosaponin VI不诱导血小板聚集或显著影响血小板活性。相反，Asperosaponin VI通过抑制ADP、AA和胶原蛋白的刺激作用而表现出显着的剂量依赖性抗血小板活性。Asperosaponin VI 对 ADP 诱导的血小板聚集的抑制率分别为 19.15% 和 28.20%。同样，Asperosaponin VI 也能抑制 AA 诱导的血小板聚集，抑制率分别为 18.68% 和 28.70%。Asperosaponin VI 抑制胶原诱导的血小板聚集，抑制率分别为 14.19% 和 21.72%。因此，Asperosaponin VI 通过抗血小板聚集发挥抗血栓作用。
文章小结
研究首次使用 SWISS ADME 系统和凝血试验来确定 Asperosaponin VI 的药代动力学并确定适当的给药途径。该研究的重点是利用代谢组学和网络药理学预测 Asperosaponin VI 的抗血栓功效和作用机制。而且得到了体内和体外实验的支持。整个研究流程从体内实验到分子层面的详细分析，构建了一个多角度、多层次的研究策略，旨在全面理解Asperosaponin VI的抗血栓效果及其作用机制。整体文章还有一定含金量的，复现起来难度不是很大。补充一句，这本期刊曾经是预警期刊，但近三年已经不在预警期刊名单了，对于急着毕业评奖，或者评职的宝宝，可以大胆尝试~这么赞的期刊和文章，还不点个收藏，细细品味？另外小云这里有最前沿的生信服务器供您使用，想要尝试的同学欢迎扫码咨询小云！
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原文始发于微信公众号（云生信学生物信息学）：7+救命神刊，又快又“水”！中医药可投！代谢组学+网络药理学+分析对接+干湿结合，18天光速见刊！