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Slurm CANCELLED DUE TO TIME LIMIT 怎么续跑?

作业达到 walltime 后会被调度器终止。盲目把时间改得很长,可能降低排队优先级。

CANCELLED DUE TO TIME LIMIT Slurm

这个报错是什么意思?

运行时间超过分区或作业申请的 TimeLimit,流程没有在终止前完成或保存检查点。

先做这三个检查

  1. 查看实际运行到哪个阶段,判断是正常耗时还是任务卡死。
  2. 为支持的工具启用 checkpoint/resume,拆分样本或染色体。
  3. 根据历史耗时申请合理 walltime,并选择允许该时长的分区。

可直接执行的检查命令

sacct -j JOBID --format=JobID,State,Elapsed,Timelimit,MaxRSS
scontrol show partition
#SBATCH --time=24:00:00

日志更长,还是定位不准?

把完整报错前后关键行贴进诊断工具,自动区分环境问题、软件问题和真实硬件瓶颈。

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留下手机号,我们会围绕“CANCELLED DUE TO TIME LIMIT Slurm”核对环境与资源条件;需要迁移时,可一并评估 128G 生信服务器 3 天试用。

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