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1、软件内容及流程：

共包含1个R语言脚本，脚本介绍如下：

singcell.R

程序名称：

singcell.R

功能描述：

该软件是云生信团队专为单细胞测序分析设计打造，可实现一站式单细胞测序数据的下游分析，包括：

1. 数据质控过滤，
2. 数据标准化，
3. PCA主成分分析，
4. tSNE降维聚类分析，
5. 查找细胞群maker基因，
6. 自动化注释细胞类型，
7. 细胞轨迹分析

等等单细胞数据分析的科学方法。并且会自动生成分析的结果图。对用户操作十分友好，无需任何编码，即可快速拿到高质量的分析结果。

使用方法：

Rscript singcell.R -filename -filepath

参数说明：

USAGE:

singcell.R -filename=<file> -filepath=<path>

PARAMETERS:

-filename The name of the single-cell data folder that needs to be analyzed. Subfolders under the folder may include multiple samples. Under the subfolders should include barcodes,feature, feature_barcode_matrix three single-cell sequencing upstream processed files.

-filepath The path to the single-cell data folder that needs to be analyzed.

1. 打开命令行界面，输入“Rscript singcell.R filename filepath”这里，必须输入参数是-filename,-filepath;filename表示需要进行分析的单细胞数据文件夹名称。文件夹下可以包括多个样本的子文件夹。子文件夹下应包括barcodes,feature，feature_barcode_matrix三个单细胞测序上游处理后的文件;filepath表示需要进行分析的单细胞数据文件夹的路径。

3、完成参数提交后，按下回车键，整个程序即正式开始进入执行。程序执行完毕后，界面会显示“Program execution is completed”结束语。

操作界面截图：

1. 程序运行命令

1. 输入文件界面展示截图示例

示例输入的文件GSE174574_RAW/ 下有三个样本

样本文件夹下，应包括barcodes, feature, feature_barcode_matrix三个单细胞测序上游处理后的文件。

1. 程序运行界面截图

1. 程序运行结果文件展示

输出文件：

结果文件分为五个部分，分别是：

1. 基因特征
2. PCA分析
3. Maker基因识别
4. tSNE聚类
5. 细胞轨迹图

输出的图片将以pdf格式保存。分析数据以txt格式保存。

1. 测序深度相关性图

1. 特征方差图
2. 单细胞分布小提琴图
3. PCA分析热图
4. FeaturePlot
5. 
6. tSNE投影图
7. 识别细胞类型
8. 03.clusterMarkers.txt

1. 04.cellAnn.txt

等文件

云平台下操作截图：

(1)运行示例数据

可得到示例数据的结果

点击下载全部文件，即可下载全部的分析结果文件。

1. 上传数据

点击上传数据

即可进入文件上传的页面。选择我们要分析的数据

上传好后，点击运行自有数据，即可开始分析。

程序运行完成后，将会输出以下结果。