先记住这几个最常用的
1. 直接进入交互模式
codex
这是最常见的起手式。进来以后你可以直接对着当前项目说话，比如：
帮我看看这个 RNA-seq 项目的主流程从哪里开始
如果你已经在项目目录里，这是最顺手的用法。适合做代码阅读、流程梳理、脚本修改、报错排查。
2. 指定工作目录
codex -C /path/to/project
这个命令很实用，尤其是你平时项目多、目录乱的时候。做生信最怕“人还在 A 项目，命令已经跑到 B 项目里去了”。`-C` 能直接告诉 `Codex`：今天就只看这个目录。
比如：
codex -C ~/projects/rnaseq_lung
进去以后再说：
帮我找 count matrix 是从哪个规则生成的
它就会在这个目录里读文件、找入口、顺着流程往下看。
3. 非交互执行，一条命令把活交出去
codex exec “读取当前仓库，梳理从 FASTQ 到差异分析结果的完整流程”
`exec` 很适合那种目标清楚、不需要你一边看一边插话的任务。比如：
codex exec -C ~/projects/wes_pipeline “检查这个 WES 项目里 VCF 是怎么过滤出来的”
这类命令的好处是干净，跑完就给结果，不会一直挂着一个交互界面。
4. 把最后回复直接写到文件里
codex exec -C ~/projects/scRNA -o workflow_note.md “总结这个单细胞项目的分析步骤和输入输出”
这个对生信特别有用。因为很多时候你不是只想“看一眼答案”，而是想要一份能转发给同事、能留档的说明。`-o` 可以把最后那段结果直接落成文件，省得你再复制粘贴。
5. 接着上次干过的活继续
codex resume –last
你昨天让它看了一半 `Nextflow`，今天接着来，不用重新解释一遍背景。这个命令对长流程项目非常重要，尤其是多组学、空间转录组、肿瘤队列分析这种一看就是半天起步的活。
6. 让它直接审代码
codex review
如果你刚改完一个脚本，或者同事丢给你一个 PR，这条命令很好用。它会偏“代码审查”口径来看问题，更容易发现：
参数名改了但调用处没同步
样本分组表列名和代码里写的不一致
路径拼接有问题
边界条件没处理
输出文件名写死了
这类问题在生信项目里很常见，而且特别容易藏到最后一步才炸。
7. 临时开网络搜索
codex –search
如果你问的是会变动的信息，比如某个数据库现在怎么访问、某个工具最新版参数、某个包最近有没有 breaking change，这个选项就很有用。
比如：
codex –search -C ~/projects/chipseq
然后问：
帮我确认一下 STAR 现在官方推荐的基础比对参数有哪些变化
这种问题，开搜索会比只靠本地记忆稳得多。
8. MCP 工具管理
codex mcp list
如果你给 `Codex` 接了额外工具，比如数据库、外部服务或者别的开发能力，`mcp` 这组命令就是管理入口。常用的有：
codex mcp list
codex mcp get <name>
codex mcp add …
普通用户不一定每天都碰，但一旦你想把它接进自己的工作流，这组命令就会越来越重要。
生信里最值钱的，不只是命令，是提问方式
同样是让 `Codex` 帮忙，下面两种说法，效果差很多。
比较虚的说法：
帮我分析一下这个项目
更像干活的说法：
这是一个 bulk RNA-seq 项目。帮我先找主入口脚本，再告诉我样本分组表在哪、count matrix 怎么生成、差异分析用的是 DESeq2 还是 edgeR。
你给得越具体，它越像一个能直接开工的搭子。
生信场景里，特别建议把这 4 样东西一起说清楚：
目标：你到底想让它干什么
输入：文件、目录、脚本或报错在哪里
输出：你想要总结、表格、脚本，还是直接修好
限制：比如不能改原始数据、不要联网、只看当前目录
例如你可以这样问：
只读当前目录，不改文件。帮我找这个肿瘤 WES 项目里，TMB 是从哪个 VCF 算出来的。
或者：
帮我把 GEO 下载脚本补全，要求输出 sample sheet，并保留原始 accession 命名。
再或者：
检查这个单细胞项目里 cell type annotation 是在哪一步写回 h5ad 的。
这种问法，基本都能直接进工作状态。
几个特别适合生信人的用法
看老项目
别人留下来的项目最烦的，不是代码烂，而是没人解释。你可以直接让 `Codex` 帮你读：
codex -C ~/projects/old_chipseq
然后问：
这个项目从 BAM 到 peak annotation 的主流程是什么，按顺序列出来
查流程断点
比如 `Snakemake` 或 `Nextflow` 卡住了：
codex exec -C ~/projects/atacseq “帮我找这个流程里哪一步生成了 final bigwig”
批量改脚本
生信项目里最常见的重复劳动之一，就是路径、样本名、参数批量替换。你可以直接说：
把这个目录下所有 R 脚本里写死的 /data/projectA 改成相对路径，但不要改注释
写一次性工具
这种场景 `Codex` 往往很强：
批量统计 FASTQ 文件名和样本编号
从 GTF 提取 gene biotype
合并多个 DE 结果表
把临床表和表达矩阵按样本 ID 对齐
检查 VCF 头信息是否一致
说一声需求，它通常就能把脚手架先搭出来。
有一条命令，知道就行，别乱用
codex –dangerously-bypass-approvals-and-sandbox
这名字已经写得很明白了：危险。除非你非常清楚自己在干什么，而且外部环境本来就有额外沙箱，不然别随手开。做生信的人经常和大文件、批量删除、中间结果清理打交道，这种时候更要克制一点。
相对稳一点的自动模式是：
codex –full-auto
它比默认更省事，但至少还没把安全带整个拆掉。
最后一句实话
`Codex` 不会替你决定差异基因阈值，也不会替你判断这个富集结果到底有没有生物学意义。那些事，还是得靠人。
但它非常适合替你处理另一半工作：读项目、找入口、补脚本、改参数、查报错、整理结果、生成说明。生信工作里真正拖时间的，很多恰恰就是这些东西。
所以别再把它只当成一个会聊天的终端了。把命令用起来，你会发现它更像一个会写代码、会看项目、还能自己往前推一步的同事。
如果你平时做的是 `RNA-seq`、单细胞、WES、空间转录组或者公开数据库挖掘，这套用法基本都能接上。先从 `codex -C 项目目录` 开始，通常就够了。