国自然热点失巢凋亡生信思路大放送，错过就再也没有了

前段时间为大家介绍了失巢凋亡，如果还有一部分小伙伴处于比较陌生的阶段，没关系，一回生二回熟，爱不爱不重要，有饭吃就行（哈哈哈，胡说八道）。

今天给大家介绍一下失巢凋亡的生信研究思路。在这之前，我们先快速地看看最开始关于失巢凋亡分享中的那篇纯生信文章是怎么做的吧。

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首先，找差异基因，子宫内膜癌与对照相比差异表达的失巢凋亡相关基因

然后鉴定显著影响预后的差异基因构建signature

接着进行signature的预后效能评估

（这个图片的排版？？？？？？看来是编辑没有强迫症吧）

接下来就是利用单因素和多因素cox分析signature作为影响癌症预后之于其他因素的独立性，并且联合其他因素构建一个列线图。

但是还要知其所以然，于是就有了下面的机制相关的研究：

不同组间的GSEA分析肿瘤hallmarks和免疫激活机制

然后是免疫相关分析

不同signature组间免疫检查点表达及相关性差异

免疫治疗：预测患者免疫治疗反应分析

最后是基于数据库的基因免疫组化验证

然后没有然后，结束。

也不是大家想的那么难，这篇文章发了4分噢~看吧，失巢凋亡生信文章少它就好发！

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但这个时候可能心里就犯嘀咕了，这篇是21年的，毕竟不是最新的文章，现在大家都已经很卷了，放到现在可能就不好整了。没关系，小编也只是跟大家说已经发表的是什么样子的，心里得有个数呀。

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小编从生信的角度简单为大家总结了几个思路：

01

构建模型

与前文降维+预后模型的思路类似，但是分析内容可以延展得更宽泛也可以刻画得更深入，如果这么说还是太笼统的话（废话(╯▔皿▔)╯），那还是举例子吧。

失巢凋亡相关signature的思路完全可以和铜死亡或者铁死亡一致，基础就是基于这个基因集合进行筛选，并且构建一个signature。

别的不说，就看当时铜死亡最先发表的那10篇生信文章，是最快也是最可行的思路，其中构建模型是思路中占比最高的（4/10），所以，您先别管它是降维＋预后模型还是分型＋预后模型，反正这个思路能做！

（这个杂志已经从去年的6分涨到10分了！）

还有lncRNA signature

当然单基因预后signature也能发

难道只有肿瘤的生信思路吗？当然不是。是肿瘤就一定做预后吗，我不想做预后呢？这个也可以有。

02

分子分型

抛开肿瘤预后或者非肿瘤疾病的生信研究思路，这个依然可以参考铜死亡的研究角度，而且在生信人之前的分享中已经提到过，分子分型的思路，换个基因集是完全可行的。

03

单细胞+bulk RNA

单纯的单细胞数据挖掘或者联合bulk RNA-seq的文章，虽然相比于前面两个思路分析难度提升了不少，但是文章水平也可以说是提升了一个量级。（肿瘤和非肿瘤都适用）

其实哪里有什么固定的套路，无非就是不同的出发点不同的方法拆分组合，重要的是，在保证质量的情况下，要比别人快（毕竟“天下武功，无坚不破，唯快不破”）。

当一个新的方向出来，但凡犹豫一下，那就是完全不一样的结果，铜死亡不就是一个很好的例子吗？相信很快就会有新的失巢凋亡生信文章发表，小编等着看。

（ps：小编能等，您可别再看戏啦，回过神来人家文章都发了）

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