2024-06-16

看这里，看这里，三分钟教会你使用clustalw2画出漂亮美观的系统发育树！！

原创小果生信果 2024-04-23 19:00:29

相信小伙伴们都听知道系统发育树吧，是生物信息学中非常重要的图表哦，今天就让小果教大家如何使用clustalw2软件，只需三分钟就能帮助我们轻松画出漂亮美观的系统发育树！通过使用clustalw2软件，让你的生信数据展现出不一样的美感。接下来，我们将一起来学习clustalw2的安装和使用，一起来感受生物信息学的魅力，快跟着小果一起动手尝试吧。

本次介绍的软件需要在服务器运行，同学们可以使用自己的服务器，如果没有自己的服务器，又需要制作系统发育树的话，可以联系我们联系我们进行服务器租赁~

公众号后台回复“111”

领取本篇代码、基因集或示例数据等文件

文件编号：240416

需要租赁服务器的小伙伴可以扫码添加小果，此外小果还提供生信分析，思路设计，文献复现等，有需要的小伙伴欢迎来撩~

系统发育树

系统发育树是生物学中常用的一种图形表示方法，用于描述不同生物种类之间的演化关系。主要功能包括展示物种间的演化关系、揭示进化模式和过程。通过树状结构，系统发育树帮助我们理解生物的进化历史和相互关系。

ClustalW2

ClustalW2是一种常用的多序列比对软件，用于比较多个生物学序列的相似性和差异。主要用于DNA、RNA和蛋白质序列的比对，有助于研究这些序列之间的结构和功能关系。ClustalW2是一个功能强大、灵活且易于使用的多序列比对工具，是进行系统发育树构建的第一步。

安装ClustalW2

需要的系统：Linux系统，需要的软件支持：conda

创建conda环境

conda create --name ClustalW2 # 创建一个ClustalW2环境

遇到提示输入y即可

conda install clustalw # 在conda环境中安装

遇到提示输入y即可

clustalw # 运行clustalw软件

显示以下窗口表示安装clustalw成功

数据搜集

接下来我们准备需要的数据，本篇文章以人体血红蛋白氨基酸序列为例构建系统发育树，同学们可以选择其他数据，格式可以为NBRF/PIR, EMBL/SwissProt, Pearson (Fasta), GDE, Clustal, GCG/MSF, RSF七种，均可被clustalw自动识别。

数据下载：

登陆NCBI官网（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）

本文输入“Human Hemoglobin”

勾选合适的蛋白质序列，右上角选择FASTA文件格式进行保存，这里为了发育树内容丰富，勾选50条序列，同学们可以按需选择序列。

下载sequence.fasta文件：

使用FileZilla等软件，将sequence.fasta文件同步到服务器。

也可以使用vim文本编辑器,将序列信息同步到服务器。在sequence.fasta所在目录运行clustalw2

clustalw2 # 运行clustalw2程序

输入1，回车

输入sequence.fasta

接着输入2，回车

输入1，回车。

随后一直按回车确定，直到序列比对程序开始，这个过程需要耐心等待，比对结束显示如下图。

输入X，结束

在当前目录下得到序列比对文件sequence.dnd

树的构建

打开网址ITOL建树网址（https://itol.embl.de/）

选择Upload。

将sequence.dnd文件从服务器同步到本地，随后上传到ITOL，并且给树去一个名称。

等待加载结束，即得到如图所示系统发生树：

网页右侧可调整相应参数达到想要的效果。

以上就是ClustalW2安装和使用的简短的教程了，我们介绍了如何使用ClustalW2软件绘制漂亮美观的系统发育树。同学们可以多加练习，尝试动手构建出自己需要的美观精致的系统发育树，希望本教程能够为同学们提供一些启发，让同学们更深入地探索生物信息学的奥秘，并在进行生信时更加得心应手。

同学们如果觉得写代码麻烦可以体验我们的云生信小工具，轻松生成所需图表，只需输入数据即可。可以点击链接访问云生信

（http://www.biocloudservice.com/home.html），开启便捷的生信之旅！

小果还提供思路设计、定制生信分析、文献思路复现；有需要的小伙伴欢迎直接扫码咨询小果，竭诚为您的科研助力！

定制生信分析

服务器租赁

扫码咨询小果

往期回顾

｜1024G存储的生信服务器，两人成团，1人免单！

｜单个数据库用腻了？多数据库“组合拳”带你打开免疫浸润新思路！

｜孟德尔随机化的准备工作，GWAS数据的网站下载方法

｜跟着小果学复现-手把手带你拿下IF=46.9Nature 级别的主成分分析（PCA）图！！

看这里，看这里，三分钟教会你使用clustalw2画出漂亮美观的系统发育树！！

看这里，看这里，三分钟教会你使用clustalw2画出漂亮美观的系统发育树！！

推荐阅读

Linux 常用命令

R4.4.1 已安装R包列表

☆☆slurm必读☆☆