GATK sequence dictionary not found：参考基因组字典缺失
GATK 需要 FASTA、.fai 和 .dict 三件套，并且文件名前缀及 contig 顺序必须对应。
A USER ERROR Fasta dict file for reference does not exist这个报错是什么意思？
参考基因组缺少 sequence dictionary，或 .dict 文件名没有放在 GATK 预期位置。
先做这三个检查
- 确认 FASTA 可读且没有被压缩成不支持的形式。
- 生成 .fai 和同名前缀的 .dict。
- 确保三个文件来自同一参考版本，避免后续 contig 不一致。
可直接执行的检查命令
samtools faidx reference.fa
gatk CreateSequenceDictionary -R reference.fa -O reference.dict
ls -lh reference.fa* reference.dict日志更长，还是定位不准？
把完整报错前后关键行贴进诊断工具，自动区分环境问题、软件问题和真实硬件瓶颈。
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