samtools truncated file / failed to read header 修复
BAM/CRAM 文件头无法读取或中途截断，多由下载、合并、排序任务异常退出造成。
samtools truncated file failed to read header这个报错是什么意思？
文件内容不完整、格式与扩展名不一致，或 CRAM 缺少匹配参考基因组。
先做这三个检查
- 确认文件真实格式与扩展名一致。
- 用 quickcheck 定位损坏文件，并比对 MD5。
- CRAM 同时核对参考基因组；损坏文件优先重新生成，不要强行修补。
可直接执行的检查命令
file sample.bam
samtools quickcheck -vv sample.bam
samtools view -H sample.bam日志更长，还是定位不准？
把完整报错前后关键行贴进诊断工具，自动区分环境问题、软件问题和真实硬件瓶颈。
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留下手机号，我们会围绕“samtools truncated file failed to read header”核对环境与资源条件；需要迁移时，可一并评估 128G 生信服务器 3 天试用。
先判断是否真缺算力不自动开通付费服务本站不保存日志原文