FastQC——转录组数据质控的得力助手
在RNA-seq数据分析中，数据能否使用是最基本的问题，因此进行质量控制（Quality Control, QC）是不可或缺的步骤，今天小果介绍了一个高效好用的软件工具——fastqc，它可是转录组数据质控的得力的助手。
FastQC是一个免费使用的质量控制工具，能够对高通量测序数据进行快速、准确的评估。在这篇文章中，小果将以拟南芥转录组数据为例，详细介绍FastQC在RNA-seq数据质控方面的应用。
1.安装fastaqc
conda create –name fastqc###创建环境
conda activate fastqc###激活环境
conda install -c bioconda fastqc###安装
fastqc -version###验证否安装成功
2.数据准备
上一期我们对拟南芥的3组共9个转录组测序rawdata进行了过滤，这一期，小果继续用上次的数据带大家进行质量控制，当然啦，正确的做法是先对数据进行质量控制，然后根据结果报告来进行数据的过滤处理。小果先对数据进行了处理，然后进行了数据质控。
3.质量控制
这一步操作很简单，进入文件所在目录
fastqc -t 4 *_paired.fq.gz
或者
nohup fastqc -t 4 -o ~/my_folder/trimm/ninanjie_output/ninanjie_qc *_paired.fq.gz &
这一程序会在后台运行，并对所有以 _paired.fq.gz 结尾的文件进行质控，同时使用4个线程进行计算，结果输出到给定目录。
这一步可以根据自己的实际修改命令。
可以看到程序在后台并给出了进程ID，可以进入输出目录查看结果，下面是部分，结果，慢慢等待即可。
4.查看结果
程序结束后我们会看到每个样本都生成了read1和read2的.html报告和压缩文件，我们可以打开.html查看报告。
好啦，不多说了，今天的内容就到这里了，你学会了吗！
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