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描述
USAGE:
diffcorr.r –exp=–number_control=–gene_gene_cor=–module_module_cor=
PARAMETERS:
–exp exprmatrix input txt format.
–number_control the number of control sample.
–gene_gene_cor the Correlation coefficient between gene and gene,will be used for clustering,default:0.6.
–module_module_cor the Correlation coefficient between module in control and module in case,default:0.8.
操作步骤：
1、打开命令行界面，输入“Rscript diffcorr.r”调阅帮助文档，确定该程序所需的输入文件。
2、用户根据帮助文档中的参数说明内容，对参数进行设置。这里，必须输入参数有2个，分别是–exp，表示基因表达矩阵文件，这里必须保存为txt格式，并且属于同一个处理组的样本列必须挨着，这里对照组在前，处理组在后；–number_control表示对照组样本的个数。
可选参数有2个，分别为–gene_gene_cor，表示对各个表型下基于基因相关性进行聚类的阈值，默认为基因之间相关性大于0.6被聚为一个模块。–module_module_cor，表示对各个表型的模块进行相关性分析的阈值，这里默认为挖掘相关性大于0.8的两个模块。
3、完成参数提交后，按下回车键，整个程序即正式开始进入执行。每步执行内容都会给出提示。程序执行完毕后，界面会显示”Program execution is completed“结束语。
1、control_nerwork.pdf（对照组模块共表达网络）
2、case_nerwork.pdf（处理组模块共表达网络）
3、module_list_control.txt和module_list_case.txt（按照所设阈值得到的各个表型下的共表达模块及对应基因）
注：r1表示对照组中两个基因的相关系数
p (difference)表示相关性差异显著性p.value值
(r1–r2)表示相关性差异程度
lfdr (in cond. 1)表示校正后的对照组中两个基因的相关显著性FDR值
lfdr (in cond. 2)表示校正后的对照组中两个基因的相关显著性FDR值
lfdr (difference)表示校正后的相关性差异显著性FDR值
这里默认将FDR<0.05的差异共表达关系对导出
