featureCounts 结果全是 Unassigned_NoFeatures
大量 reads 没有分配到基因，常见原因不是“样本没表达”，而是染色体命名、注释版本或链特异参数不一致。
featureCounts Unassigned_NoFeatures这个报错是什么意思？
BAM 与 GTF 使用不同参考版本/contig 命名，或者 -s、-t、-g 参数与实验和注释结构不匹配。
先做这三个检查
- 比较 BAM 和 GTF 的染色体名称与参考版本。
- 确认文库是否链特异，并设置正确的 -s。
- 检查注释 feature 类型和 gene_id 属性是否真实存在。
可直接执行的检查命令
samtools idxstats sample.bam | head
grep -v '^#' genes.gtf | cut -f1 | sort -u | head
featureCounts -s 0 -t exon -g gene_id -a genes.gtf -o counts.txt sample.bam日志更长，还是定位不准？
把完整报错前后关键行贴进诊断工具，自动区分环境问题、软件问题和真实硬件瓶颈。
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留下手机号，我们会围绕“featureCounts Unassigned_NoFeatures”核对环境与资源条件；需要迁移时，可一并评估 128G 生信服务器 3 天试用。
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