featureCounts paired-end reads detected in single-end mode
BAM 含成对 reads，但 featureCounts 参数按单端运行，或反之。
Paired-end reads were detected in single-end read library featureCounts这个报错是什么意思？
比对数据类型与 -p/--countReadPairs 参数不匹配。
先做这三个检查
- 用 flagstat 确认 paired 标记比例。
- 按 featureCounts 版本核对 -p 和 countReadPairs 语义。
- 同时确认只计 fragment 还是分别计 reads。
可直接执行的检查命令
samtools view sample.bam | head
samtools flagstat sample.bam
featureCounts -p --countReadPairs -a genes.gtf -o counts.txt sample.bam日志更长，还是定位不准？
把完整报错前后关键行贴进诊断工具，自动区分环境问题、软件问题和真实硬件瓶颈。
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