GATK Java heap space / OutOfMemoryError
Java 堆上限不足时，GATK 即使所在节点还有内存也可能 OOM。
GATK java.lang.OutOfMemoryError Java heap space这个报错是什么意思？
-Xmx 设置过小，或工具处理超大区间/线程导致堆峰值增加。
先做这三个检查
- 同时查看节点内存和 Java -Xmx。
- 为容器/Slurm 预留非堆内存，不要把 Xmx 设为全部物理内存。
- 按染色体/interval 拆分任务，避免单进程堆无限膨胀。
可直接执行的检查命令
java -version
gatk --java-options '-Xmx16g' ToolName ...
free -h日志更长，还是定位不准？
把完整报错前后关键行贴进诊断工具，自动区分环境问题、软件问题和真实硬件瓶颈。
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