GATK read groups missing：BAM 缺少 RG/SM
许多 GATK 工具要求 BAM reads 具有有效 read group，尤其是 SM 样本字段。
GATK read group ID not found sample name missing这个报错是什么意思？
比对时未写入 @RG，或 header 有 RG 但 reads 没有对应标签。
先做这三个检查
- 检查 header 与 reads 的 RG 标签是否对应。
- 能重比对时优先在比对命令中正确写入 read group。
- 补写后重新排序、索引，并确保不同样本 SM 唯一。
可直接执行的检查命令
samtools view -H sample.bam | grep '^@RG'
gatk AddOrReplaceReadGroups -I sample.bam -O with_rg.bam -RGID id -RGLB lib -RGPL ILLUMINA -RGPU unit -RGSM sample日志更长，还是定位不准？
把完整报错前后关键行贴进诊断工具，自动区分环境问题、软件问题和真实硬件瓶颈。
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先判断是否真缺算力不自动开通付费服务本站不保存日志原文