samtools index：BAM 未按坐标排序
samtools index 要求 BAM 按参考坐标排序。
samtools index failed unsorted positions这个报错是什么意思？
输入是 queryname/unsorted 顺序，或合并步骤破坏了坐标顺序。
先做这三个检查
- 检查 BAM header 的 SO 字段。
- 使用 samtools sort 生成新文件后再索引。
- 不要只手工修改 header；实际记录必须真的有序。
可直接执行的检查命令
samtools view -H sample.bam | grep '^@HD'
samtools sort -o sample.sorted.bam sample.bam
samtools index sample.sorted.bam日志更长，还是定位不准？
把完整报错前后关键行贴进诊断工具，自动区分环境问题、软件问题和真实硬件瓶颈。
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留下手机号，我们会围绕“samtools index failed unsorted positions”核对环境与资源条件；需要迁移时，可一并评估 128G 生信服务器 3 天试用。
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