samtools Chromosome blocks not continuous / out of order
同一染色体记录被其他染色体块分隔，文件不满足坐标排序要求。
Chromosome blocks not continuous samtools这个报错是什么意思？
按文本方式拼接 BAM/SAM，或使用不一致的 contig 排序顺序。
先做这三个检查
- 确认问题不是简单 header 标记错误。
- 重新按坐标排序完整文件。
- 合并多个 BAM 使用 samtools merge 后再 sort，不要直接 cat。
可直接执行的检查命令
samtools quickcheck -v sample.bam
samtools sort -o fixed.bam sample.bam
samtools index fixed.bam日志更长，还是定位不准？
把完整报错前后关键行贴进诊断工具，自动区分环境问题、软件问题和真实硬件瓶颈。
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