Snakemake MissingInputException：找不到输入文件
DAG 构建时某条规则需要的输入既不存在，也没有规则能够生成。
MissingInputException Snakemake这个报错是什么意思？
路径拼写、通配符、样本表或 rule 依赖关系不一致。
先做这三个检查
- 用 dry-run 查看第一个缺失输入。
- 核对 config/sample sheet 与 wildcard 展开结果。
- 为应生成的文件补规则；外部输入则改为正确绝对路径。
可直接执行的检查命令
snakemake -n -p --reason target
snakemake --dag target | dot -Tpng > dag.png
ls -lah expected/input日志更长，还是定位不准？
把完整报错前后关键行贴进诊断工具，自动区分环境问题、软件问题和真实硬件瓶颈。
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留下手机号，我们会围绕“MissingInputException Snakemake”核对环境与资源条件；需要迁移时，可一并评估 128G 生信服务器 3 天试用。
先判断是否真缺算力不自动开通付费服务本站不保存日志原文