Snakemake MissingOutputException：命令成功但结果不存在
Shell 命令返回 0，但 Snakemake 等待后仍未看到声明的输出。
MissingOutputException Snakemake这个报错是什么意思？
输出文件名不匹配、写到其他目录、网络文件系统延迟或命令静默失败。
先做这三个检查
- 比较 rule output 与命令真实生成路径。
- 先排除命名错误，再判断共享存储可见性延迟。
- 只有确认是延迟时才增加 latency-wait，不要掩盖未生成文件。
可直接执行的检查命令
snakemake -p --verbose target
ls -la expected/output
snakemake --latency-wait 60 target日志更长，还是定位不准？
把完整报错前后关键行贴进诊断工具，自动区分环境问题、软件问题和真实硬件瓶颈。
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命令跑完仍失败？让工程师帮你确认下一步
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