VCF contig is not defined in the header
记录中的染色体没有对应 ##contig header，严格工具会拒绝处理。
Contig is not defined in the header VCF这个报错是什么意思？
VCF header 不完整，或合并了使用不同参考命名的记录。
先做这三个检查
- 比较记录染色体与 header contig 列表。
- 从正确参考字典补充 header，确保长度一致。
- 若参考版本不同，应转换或重新生成，不能只加名字。
可直接执行的检查命令
bcftools view -h variants.vcf.gz | grep '^##contig' | head
bcftools query -f '%CHROM\n' variants.vcf.gz | sort -u | head日志更长，还是定位不准？
把完整报错前后关键行贴进诊断工具，自动区分环境问题、软件问题和真实硬件瓶颈。
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