使用cytoscape的MCODE插件筛选hub基因
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一
String网站进行PPI分析，下载TSV文件
登入string网站，点击search，选择进入Multiple proteins
https://cn.string-db.org/cgi/input?sessionId=btnIJ1IPN1ts&input_page_active_form=multiple_identifiers
将关注基因输入list of name框中，organisms框中选择物种
点击search，后点击continue
下载TSV文件，我下载的是 as short tabular text output
二
TSV文件导入cytoscape
点击如下图标
选择先前下载的TSV文件
后点击 OK 导入，我们这里得到了176个节点和566个互作关系对
三
运行MCODE插件筛选hubgene
Apps一栏选择MCODE插件，如未下载可在Apps一栏中的App Manager中搜索MCODE下载
点击Analyze Current Network
这样我们就得到了诸个子网络
点击from selected nodes，all edges
就可以得到关注的子网络
我们可以将 将分数最高的网络里面全部基因当作hub gene
点击export table to files导出hub gene文件
至此结束
公众号回复“111”获取下方文件：
gene.txt 是string网站输入的基因
string_interactions_short.tsv 是 string 导出的TSV文件，也是cytoscape的输入文件
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