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小果手把手教你用miniconda安装EDTA（下）

发布于 2024-06-16约 3 分钟阅读

小果手把手教你用miniconda安装EDTA（下）

原创小果生信果 2023-05-11 19:02:10

生信人R语言学习必备

立刻拥有一个Rstudio账号

开启升级模式吧

（56线程，256G内存，个人存储1T）

书接上回，我们已经安装好miniconda，现在该安装EDTA了。小果安装的时候一开始走了不少弯路，比如说试图通过以下代码来安装EDTA

结果总是报错！每次安装新软件都觉得自己是呆瓜的小果研究了半天，认为应该是环境依赖出了问题，但不会解决，搜寻网络各种教程后果断删掉了刚刚创建的环境，使用了另一种安装方式（(11条消息) EDTA 最简易安装方法_tesorter_Plaichat-123的博客-CSDN博客），很快成功了，感谢来自CSDN的馈赠~

conda remove –name bioinfo –all#删除名为bioinfo的环境

git clone https://github.com/oushujun/EDTA#在github上克隆（下载）EDTA项目

没有git？装！

sudo apt install git

装完git以后再次执行

git clone https://github.com/oushujun/EDTA

装好了！使用EDTA.yml继续创建命名为EDTA的conda环境。

conda env create -f EDTA.yml

conda info –envs#查看已安装的环境

conda activate EDTA#激活EDTA

conda create –name repeatmasker repeatmasker

#创建新的环境并安装RepeatMasker

conda install -c bioconda samtools#通过bioconda安装samtools

然后我们就可以注释基因组中的重复序列了，大概流程如下所示：

下载了小鼠的全基因组序列文件（.fasta）

下载小鼠的CDS序列文件（可以在gencode下载）

构建小鼠的repeat library

对小鼠全基因组序列进行重复序列注释（用到了RepeatMasker）

统计注释结果

小果下期分析详细的注释教程哦！不要错过~

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