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小果的单日小技巧DAY7：通过甲基化实现免疫表达和肿瘤免疫环境富集分析？轻松拿下！

发布于 2024-06-16约 4 分钟阅读






小果的单日小技巧DAY7：通过甲基化实现免疫表达和肿瘤免疫环境富集分析？轻松拿下！

小guo  生信果  2024-01-10 19:00:40

  • 嘿大家！好久不见，今天我们来学习一个新的R包，它可以用来进行免疫得分的计算，并绘制箱线图进行结果展示。感兴趣的话就和小果一起学起来吧！




在肿瘤免疫环境富集分析中，DNA甲基化水平可以用来推断免疫相关基因的表达情况和功能状态。例如，如果某个基因的启动子区域CpG岛上的甲基化水平较高，就意味着该基因在该样本中被沉默或表达下调。相反，如果某个基因的启动子区域CpG岛上的甲基化水平较低，就意味着该基因在该样本中被激活或表达上调。

免疫表达和肿瘤免疫环境富集分析用于研究肿瘤组织中与免疫相关的基因表达水平及其关联的生物学过程，其结果可以帮助我们更好地了解肿瘤免疫治疗的机制，并为临床治疗提供指导。

云生信平台提供了线上的免疫表达和肿瘤免疫环境富集分析，它根据甲基化计算 DNA methylation of tumour-infiltrating lymphocyte (MeTIL)得分，并根据免疫检查点表达和肿瘤免疫微环境富集绘制热图。可以通过上传自有数据进行分析啦，数据模板可以参考左上角~
这是上传数据界面：
【注意】
1. 对参数进行设置。这里，必须输入参数有 4 个是-ann,-met,-Exp 和 sign,ann 表
示亚型注释信息；met 表示甲基化数据；Exp 表示表达矩阵；sign 表示免疫签名文件。
2. 点击上传数据 输入***文件，输入的文件名必须和示例文件名一致，且都是英文无特殊字符。如果使用自有数据时，需注意文件名和对应的内容要匹配，以及输入数据里的行名列名等等。
3. 如有非文件类参数，点击 输入参数对应的值,默认比如 pvalue值是0.05 gene值是 TP53.

小果带大家一起看看结果如何吧：
1.  TCGA_log2TPM_hugo.txt
注：经过 log2处理过的表达矩阵。

2.  TCGA_log2TPM_hugo_ESTIMATE.txt
注：经过格式转化的表达矩阵，增加了一列 Description

3. TCGA_log2TPM_hugo_estimate_score.txt
注：计算 immune/stromal

4. TIME.pdf
注：横坐标表示不同的肿瘤样本；
ImmuneScore是评估肿瘤免疫细胞浸润程度的指标；
StromalScore是一种衡量肿瘤微环境中间质成分比例的指标；
CMOIC 是肿瘤微环境中免疫细胞与肿瘤细胞间相互作用的一个计算模型，CS1-4是四种免疫检查点；
TIME是指肿瘤免疫微环境；
MeTIL得分是衡量在肿瘤组织中，浸润淋巴细胞的DNA甲基化水平的一个指标。

看了小果的介绍是不是想要迫不及待地试一下了呢？


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