分析方法 · C03

bulk RNA-seq 铜死亡评分该选 GSVA、ssGSEA 还是简单均值?

先明确输入尺度、基因集方向和研究目标,再选方法;不要以哪一种结果更显著作为选择依据。

直接判断:先明确输入尺度、基因集方向和研究目标,再选方法;不要以哪一种结果更显著作为选择依据。

适用条件

已有基因×样本表达矩阵,希望获得每个样本的铜死亡相关分数。

建议按这个顺序检查

  1. 确认输入是适合连续评分的标准化表达,而不是未经处理的原始 count。
  2. 把促进和抑制相关基因分开,避免方向互相抵消。
  3. 预先指定主要算法和参数,另一算法只作敏感性分析。
  4. 把分数与线粒体代谢、样本组成及批次共同检查。

已知限制

评分结果是表达模式摘要,跨平台绝对值不可直接比较,也不能替代功能验证。

依据与版本

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