直接判断:单个基因高表达不够。应检查基因集覆盖、细胞类型、供体重复和线粒体代谢背景,并用供体级统计避免细胞伪重复。
适用条件
已有单细胞表达矩阵,准备在细胞类型或状态层面定位铜死亡相关模式。
建议按这个顺序检查
- 先核对 FDX1 等基因的检测率和掉零情况。
- 用排序型或模块评分方法评估一组预先定义的基因。
- 按细胞类型分层,并以供体而非细胞作为组间推断单位。
- 比较铜死亡签名与呼吸、TCA、应激及细胞质量指标。
已知限制
单细胞 RNA 测序不直接测量铜离子、蛋白脂酰化或细胞死亡。
依据与版本
- Bioconductor UCell(Bioconductor release)
- 铜死亡原始研究:Copper induces cell death by targeting lipoylated TCA cycle proteins(Science 2022)