直接判断:先核对基因集方向、输入层和细胞组成,再区分“铜死亡易感背景”与“铜死亡已经发生”这两个不同问题。
适用条件
铜死亡分数、OXPHOS/TCA 富集、线粒体比例或实验方向不一致。
建议按这个顺序检查
- 列出每个分数的基因、方向和输入矩阵。
- 检查是否把促进、抑制和标志基因合成一个无方向分数。
- 分细胞类型或样本组成复算,排除组成效应。
- 把呼吸依赖性解释为易感背景,不把它直接写成死亡事件。
已知限制
不同指标可能测量不同时间点和生物层级,方向不一致不一定是技术错误。
依据与版本
- 铜死亡原始研究:Copper induces cell death by targeting lipoylated TCA cycle proteins(Science 2022)
- Bioconductor GSVA(Bioconductor release)