直接判断:先核对抗体与实验对照,再检查文库、重复、富集和峰稳定性;峰附近有基因不等于该基因被乳酸化直接调控。
适用条件
已有或计划开展组蛋白乳酸化 ChIP-seq。
建议按这个顺序检查
- 记录抗体批次、Input/IgG 对照和生物学重复。
- 检查比对、重复率、片段分布和样本间相关性。
- 用一致参数识别峰并评估重复间稳定性。
- 将峰注释、表达变化和功能证据分层报告。
已知限制
抗体特异性和实验体系会限制可解释性;仅靠峰注释不能证明直接转录调控。
依据与版本
- 乳酸化原始研究:Metabolic regulation of gene expression by histone lactylation(Nature 2019)
- Bioconductor ChIPseeker(Bioconductor release)