直接判断:它们是不同的空间测量单位。spot 或 bin 可能包含多个细胞;分割得到的 cell 也依赖图像与算法,不能自动等同于真实单细胞测量。
适用条件
准备比较 Visium、Visium HD 或其他空间平台的输出。
建议按这个顺序检查
- 先记录平台、实验化学版本和原始空间单位。
- 确认表达矩阵列对应 spot、bin 还是分割细胞。
- 把空间坐标、图像分割和表达归属的误差分开评估。
- 在方法和图注中使用准确的数据单位。
已知限制
不同平台的分辨率、灵敏度和覆盖范围不可只用“单细胞”一个标签比较。
依据与版本
- 空间转录组原始研究(Science 2016)
- 10x Genomics Space Ranger 官方文档(Space Ranger 4.1)