直接判断:先区分切片、个体、批次和生物条件,再决定是否校正。整合用于对齐可比结构,不应强迫不同组织区域完全重合。
适用条件
拥有多个切片、样本或批次,需要联合聚类和比较。
建议按这个顺序检查
- 建立切片—个体—条件—批次元数据表。
- 先分别质控和探索,再判断差异来源。
- 只在可比细胞或组织域内评估整合。
- 保留未整合结果和样本级统计作为敏感性分析。
已知限制
批次与条件完全重合时,算法无法从数据中识别二者各自贡献。
依据与版本
- Seurat 空间转录组分析指南(Seurat 当前文档)
- Bioconductor SpatialExperiment(Bioconductor release)