准备外包生信分析时，许多课题组会先发送一句话：“我们有一批转录组数据，能做吗？多少钱？”
当然可以从这句话开始沟通。但要得到有参考价值的方案和报价，还需要知道数据到了哪一步、怎样分组，以及这次分析希望帮助你决定什么。
最省沟通时间的准备方式，是先整理一份项目简述、一张样本信息表和一个文件清单。这篇文章把首轮咨询与正式开工所需资料分开，你可以按实际进度准备。
首轮咨询，先说清五件事
- 研究什么：物种、组织或细胞模型，想解释的表型或研究问题。
- 有哪些数据：普通转录组、单细胞、空间组学或其他类型，目前持有原始文件、表达矩阵还是只有报告。
- 怎样设计：有哪些组，各组多少独立样本，是否配对、包含多个时间点或分批处理。
- 已经做到哪一步：完成了哪些分析，哪一处结论不确定，是否有指定的补充分析要求。
- 希望怎样交付：预期时间、结果用途、需要的图表或文件，以及预算范围。
不确定某个技术名词也没关系，可以直接描述文件名称和当前困难。首轮重点是判断需求是否匹配，文件内容则在约定传输方式后再核验。
正式分析前，样本信息表至少要能回答这些问题
建议一行对应一个分析样本；如果同一个体有多个时间点或组织，每个样本分别占一行，并通过个体编号保持关联。样本名称需要与数据文件、矩阵列名完全对应。
- 样本编号：使用稳定、唯一的编号，避免同一批资料中反复改名。
- 分组：注明每组的实际含义，例如对照、模型、处理，而不只写 A、B、C。
- 个体或重复编号：说明哪些来自独立个体，哪些是同一份材料的技术重复。
- 配对关系：同一受试者治疗前后、同一个体不同组织等，需要明确对应。
- 组织、时间与处理：必要时列出采样时间、剂量、处理时长等。
- 批次：如已知，记录建库批次、测序批次、平台或实验批次。
- 研究相关变量：只保留本项目确实需要的表型或协变量，并说明单位、编码与缺失值含义。
例如，同一个体的处理前与处理后样本，应该共享同一个体编号；两次上机的同一份文库，也需要标明技术重复关系。资料整理时不要为了“凑齐样本数”把它们改成独立个体。
如果某个批次只有对照组，另一个批次只有处理组，务必提前说明。这会影响分组效应与批次效应能否被区分，以及结果可以解释到什么程度。
不同数据类型，需要交接的文件不一样
普通转录组：说明矩阵里的数值是什么
需要从原始数据开始时，提供 FASTQ 文件清单、测序及文库信息、样本对应关系；已有定量结果时，可先提供基因计数矩阵或原定量软件输出，并注明参考基因组、注释版本和基因编号类型。
counts、TPM 和 FPKM 不能只统一改名为“表达矩阵”后混用。例如，DESeq2 的常规分析使用未标准化计数或按其支持流程导入的估计计数，不应直接输入 TPM、FPKM 或已经取对数的矩阵。若不确定文件类型，保留原始输出和说明，让分析人员核验。参见 DESeq2 输入说明。
单细胞：除了表达数据，还要保留细胞与样本的对应关系
常见交接资料包括表达矩阵及其基因、细胞条形码文件，或 h5 格式文件；如果已经完成部分分析，还应提供 Seurat、h5ad 等对象，以及软件版本和处理记录。
同时整理每个细胞对应的样本、分组、已有注释、质控指标和筛选记录。只有降维坐标或 UMAP 图片，通常不能支持重新进行表达差异或细胞注释复核。是否保留了原始计数，也需要在开工前检查。
已有分析报告：交接整套目录，并说明最关心哪部分
HTML 报告可能依赖同目录下的图片和表格，尽量保留完整目录结构。同时保留原结果表、方法说明、软件版本和参数；需要补充审稿分析时，提供相关意见及对应图表即可。
如果目前只有 PDF 或截图，可以先讨论问题，但需要明确哪些判断必须等拿到数据后才能完成。
把比较关系写成一句完整的话
“三组都分析一下”很容易产生不同理解。更清楚的写法是：“优先比较处理组与模型组，评估处理后的表达变化；模型组与对照组用于描述模型相关变化。”
如果还关心变化是否朝对照方向恢复，需要提前定义判断方式。处理后与对照组“差异不显著”，本身不能证明已经恢复到正常水平。
有配对、时间、剂量或多因素设计时，把这些关系一起写进去。先确认主要比较，再讨论补充比较，可以减少后续反复返工。
报价前，把交付与验收一起说清楚
- 本次包含哪些分析，哪些属于另行确认的新增需求。
- 需要哪些结果表、图片格式、方法记录，以及约定的代码或对象文件。
- 是否需要结果讲解，包含几轮修改，什么情况需要重新计算。
- 服务周期从何时开始，数据缺失或中途修改分组时如何调整。
- 正式数据通过什么方式传输，访问范围、保存期限与结束后的处理方式如何约定。
涉及人员资料时，初次咨询使用项目编号和必要信息即可；姓名、联系方式等与分析无关的身份信息不必放入交接表。已经脱敏的研究数据仍应按约定方式传输。
可以直接照着填写的项目简述
研究目标：这次最希望回答的问题是……
数据情况：数据类型为……，目前持有的文件有……
样本设计：共……组，各组独立样本数为……；配对、时间点和批次情况为……
已有结果：已完成……，当前主要困难是……
期望交付：需要……，希望完成时间为……，预算范围为……
暂时无法填写的项目可以标注“待确认”。不必为了提交需求而猜测数据格式或补填不存在的信息。
云生信可以根据研究问题和现有资料，沟通标准分析或定制分析的适用范围。你可以把上面的项目简述与文件清单发来，先确认哪些资料已具备、哪些需要补充，再商定方案、费用和周期。
联系时可注明“外包资料准备”。已有单细胞报告，可继续阅读如何判断还需要哪些深入分析；想了解结果如何连接后续实验，可阅读转录组分析到验证的流程示例。