差异基因有了，富集分析做了，报告也拿到了。可准备开始实验时，还是有几个问题没想清楚：先验证哪个基因？怎么分组？结果和预期不一样，又该怎么办？
这些问题，也是我们做生信服务时要帮你解决的。我们会结合已有结果和实验条件，把先做什么、为什么这样做、做完以后怎么看，写进下一步的实验方案。
一、分析做完了，为什么还是不知道实验怎么做？
做细胞应激相关研究，转录组分析可以找出处理组和对照组之间的差异基因，也能提示值得关注的通路。但要从这些结果里选出一个基因，继续研究它的作用，还需要多做几步判断。
特别是样本、人员和经费有限的时候，很难把所有候选都做一遍。你需要先想清楚：
- 选哪个基因：是变化最大的，还是与研究问题更相关的？现有结果可靠吗？
- 做到什么程度：只确认表达变化，还是要进一步研究它对细胞的影响？
- 先花哪笔钱：哪些实验现在就该做，哪些可以等前面的结果出来再决定？
拿到分析结果以后，还需要把这些问题逐个说清楚，实验才好往下安排。
二、我们会怎样帮你设计下一步实验？
先弄清楚：你到底想验证什么？
“想做一个机制”还太宽泛。我们会和你一起把目标说具体。比如做应激相关研究，可以先问：在现有细胞模型和处理条件下，改变这个候选基因的表达，会不会影响我们关心的应激反应？
然后检查现有分析能不能支持继续做：分组是否合理，样本质量怎么样，结果是否受批次或其他因素影响，这个基因在现有模型中能不能检测到。需要补查的先补查，已经清楚的部分就直接用于后续设计。
再选基因：把为什么选、为什么暂时不选写清楚
筛选时，我们会把研究目标、结果可靠性和实验条件放在一起考虑。遇到下面几种情况，可以这样安排：
| 候选基因的情况 | 建议先做什么 |
|---|---|
| 与研究问题相关，不同数据中的变化方向较一致，现有模型也能检测。 | 可以优先核查表达，再考虑功能实验；同时写清现有结果还不能证明哪些作用。 |
| 变化幅度很大，但表达量低，或者结果可能受个别样本影响。 | 先检查表达数据、样本质量和分析结果是否稳定，再决定是否开展复杂实验。 |
| 与关注的通路有关，但暂时没有合适的模型或检测条件。 | 先留作备选，列清需要补齐的条件和投入，不急着同时开展。 |
把一个基因排在前面，是因为它值得先验证。最终有没有作用，还要看实验结果。
安排实验：先做哪一步，做到什么程度再继续
第一步，确认这个基因适不适合在现有模型里研究。根据研究目的，安排表达检测，确认样本来源、处理条件和检测方法。需要蛋白层面的证据时，再评估相应的检测条件。看到表达变化，还不能直接说明它影响了细胞功能。
第二步，看看改变这个基因后，细胞是否发生预期变化。写清干预方法、对照组、需要检测的指标，以及怎样确认干预有效。如果要研究处理因素和基因干预之间的关系，可以讨论“有无处理 × 基因干预或相应对照”的分组方式。具体设置由研究问题决定。
第三步，根据结果决定往下做什么。结果支持原来的想法，可以再考虑独立干预、救援实验或其他补充验证。结果不支持，就先检查模型是否合适、干预是否有效、检测是否可靠，再决定调整思路还是换一个候选。
方案还会说明重复实验怎么安排、样本量怎样确定、数据怎么分析。样本量要结合预期效应、数据变异和实验条件评估；技术重复不能直接当作独立生物学重复。适用时安排随机化和盲法，减少人为影响。相关原则可参阅 Nature Communications 的实验设计综述。
每一步都要写清楚：达到什么条件可以继续，遇到什么问题需要先检查。具体实验参数，再根据你的模型和预实验结果确定。
三、增加的设计费用，具体用在哪里？
准备投入实验之前，客户希望知道的不只是有哪些候选基因，还包括选它的理由、实验顺序，以及结果出来以后怎么判断。设计费用对应的，就是把这些问题逐项研究清楚，形成团队可以照着讨论和安排工作的方案。
报价时，我们会把新增工作列出来，方便你判断哪些是现在需要的。
| 需要的服务 | 你会拿到什么 |
|---|---|
| 生信分析与结果解释 | 按合同完成分析、图表和结果说明。团队已有明确实验计划的，可以按原定范围继续合作。 |
| 筛选下一步要验证的基因 | 一份候选清单，写清筛选理由、还缺什么证据，以及建议先做哪个。 |
| 设计后续实验 | 分阶段写清研究目的、模型要求、分组和对照、检测指标，以及不同结果出来后怎么办。 |
| 讨论和修改方案 | 根据团队反馈和实际实验条件修改方案，提前约定讨论次数、修改次数和文件形式。 |
只是不知道先选哪个基因，就先解决选基因的问题；如果已经有成熟方案，也不必重复购买设计服务。每一项费用，都应该对应你确实需要的工作。
具体报价要看资料是否齐全、需要评估多少候选、方案要写到多细。方案设计和实验执行、试剂、检测的费用会分别说明；需要我们协助实验执行的，也要提前确认具体安排。
四、找我们沟通前，准备哪些资料？
第一次联系，先说清研究目标、已有结果和最想解决的问题就可以。进一步讨论方案时，可以按下面这份清单准备。资料尚未公开的，可以先隐去身份等敏感信息，再确认需要提供哪些文件。
| 需要的资料 | 请说明这些内容 |
|---|---|
| 研究目标和当前困难 | 想回答什么问题？目前是不知道选哪个基因、不会安排实验，还是不知道怎样解释结果？ |
| 数据和样本情况 | 数据类型、样本量、分组、样本来源、处理条件，以及已知的批次信息。 |
| 已有结果 | 分析报告、关键结果表、候选名单和筛选理由。结果之间有矛盾的，也请一并提供。 |
| 实验条件 | 已有模型、剩余样本、能做的检测、预实验结果，以及需要找其他团队完成的工作。 |
| 预算和时间 | 大致预算、希望什么时候开始或完成，以及暂时做不了哪些实验。 |
| 需要我们做什么 | 只帮忙筛选候选，还是设计后续实验、讨论方案、解释实验结果？可以分别确认。 |
可以直接复制这段话发给客服：我研究的是____；已有____数据／结果；目前遇到的问题是____；现有实验条件是____；希望先解决____；时间或预算要求是____。
五、实验方案里会写哪些内容？
下面这份交付模板，既可以用于合作前确认范围，也可以在拿到方案后逐项核对。每一项都会结合你的研究问题填写；样本量、参数、费用和时间需要具体评估。
| 方案内容 | 需要写清楚什么 |
|---|---|
| 01 要验证的问题 | 研究哪个基因、关心什么变化，现有结果说明了什么，还有什么需要实验确认。 |
| 02 已有资料和检查结果 | 使用了哪些报告和数据，检查过哪些问题，还缺哪些资料。 |
| 03 候选基因怎么选 | 每个候选的支持依据、相互矛盾的结果和实验条件，以及优先或暂缓的理由。 |
| 04 实验怎样安排 | 每一步的目的、模型、分组、对照和检测指标。 |
| 05 重复与数据分析 | 实验单位、样本量的确定依据、随机化和盲法安排、排除标准，以及数据怎样比较。 |
| 06 结果出来后怎么办 | 检测或干预没有达到要求，先检查哪里；结果支持或不支持原来的想法，分别怎样继续。 |
| 07 双方负责什么 | 交付文件、讨论和修改次数、各自负责的工作、完成时间、费用及验收要求。 |
第 06 项尤其要写具体。比如，干预没有达到预定要求，先检查技术问题；干预有效，但关心的指标没有出现预期变化，就要结合效应大小、测量的不确定性和检测能力重新判断，不能直接写成“这个基因没有作用”。
拿到方案后，你应该能找到这些问题的答案：为什么选它？先做什么？需要什么条件？看哪些指标？不同结果出来后怎么办？
六、把已有结果发给我们，聊聊下一步怎么做
团队能自行设计实验的，可以用上面的清单检查有没有遗漏。需要我们一起判断和设计的，把已有资料和问题发来，我们先看需要帮你解决哪一部分。
告诉我们研究目标、已有结果，以及最想解决的一个问题。客服会先了解情况，再根据需要安排技术沟通，和你确认工作内容、交付文件及报价。
我们希望你拿到方案以后，知道为什么先做这一步、结果出来后怎么看。实验是否支持原来的想法，要由实际数据回答；服务不承诺显著结果或论文发表。
