单细胞测序的 FASTQ 已经到手，Cell Ranger 也安装好了。命令启动后却卡在半路：有时是 preflight 之后内存持续上涨，有时是工作盘突然告急，还有时任务跑了很久，只留下一份未完成的 pipestance。
这类问题不一定是命令写错。对 cellranger count 来说，真正需要同时匹配的是文库类型、读段规模、参考转录组、内存、工作盘和持续运行环境。
如果准备处理正式项目，尤其是人或小鼠数据、较高细胞数或带 Feature Barcode 的文库，先按任务评估服务器，往往比在本地电脑上反复试跑更稳妥。
Cell Ranger count 不只是“把 FASTQ 变成矩阵”
cellranger count 会读取 FASTQ 和参考转录组，完成 barcode 与 UMI 处理、比对、计数和基础分析。最终输出不只有 filtered matrix，还可能包括 BAM、molecule info、Loupe 文件、指标表和 web_summary.html。
10x Genomics 官方输出说明把这些文件集中在每个任务的输出目录中。也就是说，资源规划不能只看输入 FASTQ：参考文件、运行中间数据、BAM 和最终交付物都要占用空间。
官方最低要求，只是判断起点
截至本文发布前核对，Cell Ranger v10.1 官方系统要求列出的基础条件包括 Linux、8 核处理器、64 GB 内存和较大的可用磁盘空间，并推荐使用 NVMe 或 SSD。官方同时明确说明，更大的数据集需要更多资源。
这些数字不能直接当作所有项目的固定配置单。20,000 个细胞的常规 GEX、数十万个细胞的 Flex 数据，以及同时包含 GEX、抗体和 CRISPR 的大规模数据，峰值内存和工作盘压力完全不同。
正确的做法不是照着最低要求下单，而是先把数据规模和输出要求说清楚，再留出运行余量。
内存：能启动，不代表能顺利跑到最后
Cell Ranger 会把任务拆成多个阶段。不同阶段的内存峰值并不相同，因此开始运行时看起来正常，不代表后续 join、排序或汇总阶段也能通过。
官方文档还提醒：在单机模式下，Cell Ranger 默认会使用检测到的全部核心和约 90% 的可用内存；可以通过 --localcores 和 --localmem 限制资源。共享服务器上如果不做限制，一个任务就可能挤占其他用户和任务的空间。
租赁独享或明确分配资源的服务器，价值不只是“内存更大”，还在于你能知道这批资源到底归哪个任务使用。
工作盘：别只按 FASTQ 大小估算
Cell Ranger 的空间需求至少要覆盖四类内容：
- 原始 FASTQ；
- 参考转录组和软件环境；
- 运行过程中的 pipestance、中间文件和临时数据；
- BAM、矩阵、molecule info、Loupe 和质控报告等最终输出。
如果输入、工作目录和输出全挤在一个容量临界的磁盘上，任务越接近完成，失败代价越高。机械硬盘容量看似够，但随机读写和大量小文件处理也可能拖慢流程。官方因此优先推荐 NVMe 或 SSD。
先根据症状，判断问题落在哪一层
| 常见现象 | 优先检查 | 建议动作 |
|---|---|---|
| 任务被 OOM 或系统直接杀掉 | 峰值内存、共享任务、localmem 设置 | 增加独享内存并限制任务上限 |
| 运行到后段磁盘告急 | 工作目录、BAM、中间文件和剩余空间 | 扩大高速工作盘，分开归档目录 |
| CPU 很多，流程仍然慢 | 磁盘 I/O、阶段并行能力、其他任务争抢 | 先解决 I/O，再评估核心数 |
| 换机器后预检失败 | Cell Ranger、参考包、FASTQ 命名与路径 | 固化软件、参考和命令记录 |
本地电脑能不能跑？看的是任务边界
教程数据、小规模测试或已有高内存 Linux 工作站的团队，可以先在本地完成验证。
如果数据已经进入正式项目，出现以下情况，更适合评估服务器：
- 人或小鼠 GEX、Feature Barcode、VDJ 等任务需要稳定运行；
- FASTQ、参考和输出文件合计已超过本地工作盘的舒适范围；
- 本地内存接近官方最低线，任务经常处于资源临界状态；
- 需要保留 BAM、矩阵、质控和完整运行记录供后续复核；
- 分析有明确节点，不适合因为休眠、重启或资源争抢反复中断。
提交这 7 项信息，配置判断会更准确
- Cell Ranger 版本和准备运行的 pipeline；
- 3'、5'、Flex、VDJ 或 Feature Barcode 等文库类型；
- 样本数量、预期细胞数或实际读段规模；
- FASTQ 总大小；
- 物种与参考转录组版本；
- 是否需要保留 BAM、Loupe 和其他完整输出；
- 希望开始与完成的时间。
把文库与数据规模发来，先获得服务器配置建议
如果 Cell Ranger count 已经卡在内存、工作盘或运行环境，可以联系云生信企业微信客服，发送“Cell Ranger 配置”。
请准备文库类型、样本数、FASTQ 总量、参考版本、Cell Ranger 版本和期望输出；已有报错或日志，也可以一并发来。
我们会先判断 CPU、内存、工作盘和环境需求，再沟通更适合短期租赁、独享环境还是团队使用。
