直接判断:先明确输入尺度、基因集方向和研究目标,再选方法;不要以哪一种结果更显著作为选择依据。
适用条件
已有基因×样本表达矩阵,希望获得每个样本的铜死亡相关分数。
建议按这个顺序检查
- 确认输入是适合连续评分的标准化表达,而不是未经处理的原始 count。
- 把促进和抑制相关基因分开,避免方向互相抵消。
- 预先指定主要算法和参数,另一算法只作敏感性分析。
- 把分数与线粒体代谢、样本组成及批次共同检查。
已知限制
评分结果是表达模式摘要,跨平台绝对值不可直接比较,也不能替代功能验证。
依据与版本
- Bioconductor GSVA(Bioconductor release)
- FerrDb V3:22 类调控性细胞死亡资源(FerrDb V3 / 2025)