模块化生物信息学分析流程

基于高通量数据的样本相似性分析(65)

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描述

本代码基于高通量测序得到的原始count，提供样本相似性分析，主要基于vegan软件包来分析数据。用户需要输入基因表达矩阵文件和样本分组文件，设置相关参数，软件可自行根据用户选择的计算相似性矩阵的方法，从而对输入数据进行组间差异显著性的判别，以量化的数值来精确评判分组是否具有意义。本软件针对3组类别的样本数据，绘制出三组的降维分析PCA和NMDS图，并在图片上添加了用于评判组间差异大小及显著性的相关指标，从而使用户不仅直观感受样本分组情况，而且能够评估组间实验数据的差异性，以及差异性是否显著。

使用方法：

Rscript anosim_mrpp.r –e=  –g=  –m=  –ms=

参数说明：

USAGE:

anosim_mrpp.r –e=–g=–m=–ms=

PARAMETERS:

–e      exprmatrix input csv format.

–g      sample_group file,input txt format.

–m     the method of calculating the difference and significance

between groups,optional parameters :anosim,mrpp.

–ms  the method of calculating similarity index, optional parameters :manhattan,euclidean, canberra, clark, bray,kulczynski, jaccard, gower, altGower,morisita, horn, mountford, raup,binomial, chao, cao or mahalanobis.

操作步骤：

1、打开命令行界面，输入“Rscript anosim_mrpp.r”调阅帮助文档，确定该程序所需的输入文件。

2、用户根据帮助文档中的参数说明内容，对参数进行设置。这里，必须输入参数有4个，分别是–e，表示基因表达矩阵文件，–g表示样本分组文件，第二列的列名必须为group，–m表示计算组间差异显著性的方法，可选参数为anosim和mrpp，–ms表示计算样本相似性矩阵，或者说样本间距离的方法，可选参数有euclidean, bray等。

3、完成参数提交后，按下回车键，整个程序即正式开始进入执行。每步执行内容都会给出提示。程序执行完毕后，界面会显示”Program execution is completed“结束语。

结果展示：本软件输出*.pdf 图片
注：使用anosim分析搭配的PCA图，R>0且p.value<0.05，组间差异显著大于组内差异，分组有意义
注：使用mrpp分析搭配的NMDS图，A>0且p.value<0.05，组间差异显著大于组内差异

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