
配置服务器前,先把课题组未来一段时间要跑的分析拆成软件、输入、步骤和并发。CPU、内存和磁盘需求由最吃资源的步骤决定;只写“做转录组”或“需要大内存”,无法核对兼容性和可用空间。
先做任务清单
| 字段 | 填写内容 | 为什么要记 |
|---|---|---|
| 软件和版本 | Cell Ranger 10.1、STAR等实际版本 | 硬件及系统支持随版本变化 |
| 输入规模 | 样本数、FASTQ大小、细胞数或基因组大小 | 决定任务是否可代表正式数据 |
| 分析步骤 | 比对、计数、整合、建模、可视化 | 不同步骤的峰值不同 |
| 并发和期限 | 同时运行数、完成日期 | 估算总资源和等待时间 |
| 存储 | 原始数据、参考、临时目录、结果、归档 | 可用空间不等于系统显示的总盘容量 |
| 限制 | 容器/调度额度、账号权限、数据规定 | 主机规格不等于单任务实际额度 |
用实际环境核对CPU、内存和磁盘
在候选Linux环境运行以下只读命令,将输出和任务清单一起保存。CPU型号之外还要看指令集;内存同时记录主机总量和作业额度;工作盘和临时盘分别查看挂载点与剩余空间。
lscpu
awk '/MemTotal|MemAvailable/ {print}' /proc/meminfo
grep Cpus_allowed_list /proc/self/status
df -h /path/to/work /path/to/tmp
ulimit -a
例如10x官方Cell Ranger v10.1系统要求列出至少8核、支持AVX+的Intel或AMD处理器、64 GB内存、1.5 TB可用磁盘和受支持的64位Linux;官方推荐值和不同规模数据集另有说明。它是该软件版本的基线,不代表所有生信软件,也不保证任意大样本在该配置下完成。应按正在使用的版本重新查系统要求。
把空间需求算到任务目录
磁盘清单至少分开统计输入、参考、临时文件、中间结果和最终结果。记录它们实际位于哪个文件系统;同一块盘上的“空闲空间”只能计算一次。可用 du -sh 查看现有目录大小,用 df -h 查看挂载点容量;任务运行中还要观察临时文件峰值,因为结束后清理会让峰值消失。
先标出未知项,再安排代表性试跑
把无法从文档确认的并发峰值、I/O或临时空间写成“待测”,不要用硬件型号推算。用接近正式流程的输入和参数跑一次,记录软件版本、输入规模、作业额度、步骤日志、退出状态和峰值来源。确认核心输出可读、维度或文件数合理、任务能在计划并发下复现后,再把实测结果用于配置比较。输入规模、软件版本或并发改变时,需重新验证。
做一张待确认项清单
建议把需求分成“已知、待测、需管理员确认”三类。例如软件官方最低内存是已知条件;代表性样本运行的峰值属于待测;容器内存上限、可用临时盘和CPU配额则要向平台管理员核对。每个数字都带单位、来源和日期,避免把GB与GiB、整机总量与单作业额度混写。并发规划时先写出每天有多少人会提交任务,再确认它们是否能同时运行;同机多个任务要按重叠时段估算,不能把单任务资源直接当作总需求。
下载练习材料
先核对包内SHA256清单,再在独立目录复现。
需要额外算力时
适用前提:明确任务且现有资源无法满足,先用代表性任务测算。如需额外资源,可评估按任务测算的CPU服务器租赁。咨询时说明软件版本、任务规模和使用期限,配置与支持范围另行确认。
咨询本任务的服务器配置
留下手机号,我们会结合本文任务与您沟通服务器配置和报价。 也可联系云生信企业微信客服,说明本文任务。咨询本任务的服务器配置
参考与版本核对
按文中适用环境运行,所用版本与参数以实际安装环境和对应官方文档为准。
