审稿人写“Please make the data and analysis code available”，不一定是在要求把电脑里整个项目目录打包发过去。一个塞满 old、final、final2 的压缩包，文件再多，也可能没人能复现出论文里的图。先把读者需要走通的路径理清楚。
从论文里最重要的一张图开始整理
问自己四个问题：这张图读了哪个输入文件？在哪个软件环境里运行？使用哪条命令和哪些参数？产物保存到哪里？如果只能靠分析人员口头解释，README 还不完整。先走通一条主线，再把其他图表接进来。
| 材料 | 应包含什么 | 提交前检查 |
|---|---|---|
| README | 研究任务、文件说明、运行顺序、预计资源的实测或估计依据 | 新同学能否找到第一步 |
| 输入索引 | 数据编号、文件名、样本对应表和访问方式 | 不暴露患者身份、密钥或审阅口令 |
| 环境记录 | R/Python、依赖包、软件和参考数据库版本 | 不是只写“使用最新版” |
| 分析脚本 | 从输入到结果的步骤、参数、随机设置 | 无私人绝对路径和账户密码 |
| 输出映射 | Figure/Table 对应脚本及结果文件 | 与返修稿编号一致 |
| 数据可获得声明 | 公开链接、受控访问条件或具体限制 | 不承诺实际上无法提供的内容 |
容器或锁定依赖能帮助保存环境，但不必一上来追求庞大的工程方案。先保证核心脚本、版本和执行说明准确。大任务可以提供经过说明的小规模演示输入用于检查运行流程，但必须标明它不能复现主研究的统计结论。
公开数据库、审阅访问、受控数据是三种情况
引用公共数据，记录准确的数据编号、来源、下载日期和处理方式。提交自己的数据，则按对应库要求整理原始数据、处理后数据及必要元信息；不同数据类型要求不同，不能只上传一张差异基因表就默认完成归档。
GEO 提供供审稿人访问尚未公开记录的机制，可以按其说明生成审阅访问凭据。它的用途是审阅相应记录，不代表所有相关原始序列文件的访问都自动解决。不要把私密 token 写进公开博客、代码仓库或公开版本的 README。
涉及患者、遗传或其他限制数据时，不能为了返修方便就上传公开网盘。先请单位的数据管理、伦理或合规负责人确认允许提供什么、向谁提供、以何种方式提供，再按期刊和数据仓库政策写声明。这里提供文件整理建议，不判断某一项目的具体共享许可。
给回复信一个明确入口
We have prepared the reproducibility materials at [approved repository/link or access route]. The package includes [actual files], environment information and instructions mapping [figures/tables] to the corresponding scripts. Access to [restricted data, if any] is subject to [actual conditions and contact route]. Reviewer access details are provided through [the journal-approved non-public channel].
这是可修改的写作框架，不是对你的研究结果的陈述；未完成的工作不得写成已完成。
没有上传成功，就不要写“available”。需要申请访问的数据，也不要描述成“freely accessible”。在提交前让一位未参与分析的同事从 README 开始运行；记录测试环境和测试范围，修好路径错误，比补一句“代码已共享”更有说服力。
最后检查一次压缩包和脚本历史：有无个人信息、服务器登录凭据、私钥、审阅 token，以及无权公开的合作方文件。这一步不会增加论文的图，却能避免一份返修附件带来额外麻烦。
参考与更新
本文的处理步骤为编辑整理的实践建议，需结合研究设计判断；示例不是客户案例，表格不包含虚构实测数据。
云生信 · 审稿与返修系列 · 内容核对日期 2026-10-06。我们会根据方法文档和使用反馈持续修订；欢迎通过官网反馈不准确或不清楚的地方。
