决定做空间转录组后，项目往往会进入“选平台、问报价、准备送样”的节奏。但送样前还有一件事值得先做：把样本能测什么、分析要回答什么、最后交付什么放在一起核对。
例如，若想比较肿瘤中心与侵袭边缘，切片是否同时覆盖这两个区域，就直接影响后续分析能否回答问题。下面这张清单，可用来与实验和分析团队逐项确认。
送样前，先核对这五项
| 检查项 | 需要准备的信息 | 为什么要先确认 |
|---|---|---|
| 组织与保存 | 物种、组织类型、冷冻或 FFPE、保存及处理记录 | 决定与具体平台、试剂流程是否兼容 |
| 切片与区域 | 代表性病理图、目标区域、面积及坏死情况 | 确认切片是否覆盖要研究的位置 |
| RNA 与形态质量 | 平台要求的质量报告、切片完整性与成像情况 | 避免只看一个 RNA 数值判断可用性 |
| 样本与分组 | 独立个体数、对照、批次、相邻切片关系 | 确定哪些比较有重复支持 |
| 已有资料 | 单细胞参考、表达矩阵、病理结果及候选假设 | 判断哪些证据可复用、哪些仍需补充 |
RIN、DV200、组织厚度和运输条件，都应按实际平台、样本类型和试剂版本确认，不能套用同一条合格线。以 Visium FFPE 官方组织准备指南为例，它明确限定适用试剂，并强调组织形态、贴附和 RNA 质量。
一个样本里的大量 Spot，或同一个体的多张相邻切片，都不能替代独立生物学重复。只有一个样本时，可以探索局部结构、形成假设；要推广为组间规律，则需要相应的研究设计支持。关于生物学重复的研究也说明了忽略个体间差异的统计风险。
送样时，就把分析路线说清楚
“做一套标准分析”还不够具体。若目标是寻找病灶边缘的候选细胞，可以先约定：核对组织图像与坐标，检查区域质量，判断细胞参考是否适合，再比较目标区域并整理待验证的候选。
结果解读也要回到原问题：聚类是否对应病理结构？候选信号是否由局部质量或细胞组成驱动？不同样本是否支持同一趋势？空间共定位能提出线索，机制结论还需要独立定位或功能实验。
委托分析，先约定交付边界
比较报价时，建议同时确认四件事：输入文件与样本分组、分析范围、可复查的结果、修改与补分析规则。交付可包括 QC 报告、结果表、图件、方法说明，以及约定范围内的代码、参数和软件版本。
原始测序文件、组织图像和空间坐标，通常需要与数据产生方确认交接；分析团队应说明实际收到哪些输入、会返还哪些文件。涉及第三方软件的代码，也应提前讲清授权与交付范围。
如果研究方向还不确定，可以先限定一个区域或一个候选问题做小范围评估，用来判断数据能否支撑目标，再决定是否扩展。这样的评估不能替代完整研究设计，也不承诺一定得到阳性结果。
把当前资料发来，先判断下一步
如果你正在准备送样，或已有空间数据却不确定该怎么继续，可以将研究目标、样本类型与数量、当前阶段、代表性病理图或 QC 结果发给云生信。
我们先围绕这些资料沟通分析可行性和缺失信息，再确认评估范围、交付与费用。实验操作和送样标准，则与实际实验平台按版本核对。