Space Ranger 的 raw matrix 和 filtered matrix 应该选哪个？

直接判断：filtered matrix 只保留被判定为组织相关的条形码，适合多数常规下游；raw matrix 包含更广的条形码，可用于背景和组织判定等专门检查。

适用条件

已有 Space Ranger 输出，不确定应读取哪个矩阵。

建议按这个顺序检查

1. 先查看 web_summary 和组织对齐图，而不是只挑文件。
2. 核对 assay、Space Ranger 版本和输出单位。
3. 常规下游以 filtered matrix 起步，同时保留 raw matrix 供背景检查。
4. Visium HD 需明确使用 2、8 或 16 微米 bin。

已知限制

filtered 不代表所有保留位置都高质量；raw 也不能未经组织和背景判定直接进入下游。

依据与版本

• Space Ranger 输出文件说明（Space Ranger 4.1）