组织图像对齐或分割不准，应该先重跑还是直接下游？

直接判断：先判断误差是否会改变组织内位置、细胞边界或表达归属。关键对齐错误应在下游前修正并保留原始图像和参数。

适用条件

发现 fiducial、组织边界、CytAssist 对齐或细胞分割异常。

建议按这个顺序检查

1. 保存原始图像、缩放信息和当前对齐结果。
2. 在组织边缘和代表性区域人工抽查。
3. 区分图像方向、尺度、坐标和分割模型问题。
4. 修正后比较受影响位置和关键结论是否变化。

已知限制

仅凭聚类图好看不能证明对齐正确；严重错位会使后续空间结论失去意义。

依据与版本

• 10x Genomics Space Ranger 官方文档（Space Ranger 4.1）
• Space Ranger 输出文件说明（Space Ranger 4.1）