直接判断:先保证单细胞参考的组织、条件和注释可比,再选择标签转移或解卷积;预测比例和置信度都应保留。
适用条件
同时拥有空间数据和 scRNA-seq 参考,准备定位细胞类型。
建议按这个顺序检查
- 检查参考数据的组织、物种、状态和注释质量。
- 比较两侧基因覆盖并处理平台差异。
- 根据空间单位选择标签转移或混合细胞解卷积。
- 用标记基因、组织结构和独立证据核验结果。
已知限制
映射结果是模型推断;参考中缺失的细胞类型通常不会被算法凭空发现。
依据与版本
- Seurat 空间转录组分析指南(Seurat 当前文档)
- Bioconductor SpatialExperiment(Bioconductor release)