分析方法 · S05

空间转录组怎样和单细胞数据做细胞类型映射?

先保证单细胞参考的组织、条件和注释可比,再选择标签转移或解卷积;预测比例和置信度都应保留。

直接判断:先保证单细胞参考的组织、条件和注释可比,再选择标签转移或解卷积;预测比例和置信度都应保留。

适用条件

同时拥有空间数据和 scRNA-seq 参考,准备定位细胞类型。

建议按这个顺序检查

  1. 检查参考数据的组织、物种、状态和注释质量。
  2. 比较两侧基因覆盖并处理平台差异。
  3. 根据空间单位选择标签转移或混合细胞解卷积。
  4. 用标记基因、组织结构和独立证据核验结果。

已知限制

映射结果是模型推断;参考中缺失的细胞类型通常不会被算法凭空发现。

依据与版本

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