直接判断:同一切片中的位置共享个体、处理和空间相关性,不是独立生物学重复。组间推断应回到个体或独立切片设计。
适用条件
准备做组间差异、相关分析或机器学习,spot 数远大于样本数。
建议按这个顺序检查
- 明确生物学重复单位是个体、组织块还是切片。
- 在模型中考虑样本层级和空间相关性。
- 避免随机拆分相邻 spot 造成训练测试泄漏。
- 报告样本数与空间单位数,而不是只报总 spot。
已知限制
更多空间位置提高组织内分辨率,但不能替代更多独立个体。
依据与版本
- 空间转录组原始研究(Science 2016)
- Bioconductor SpatialExperiment(Bioconductor release)