Cell Ranger 各环节资源需求
| 命令 | 官方建议 | 实际可行下限 | 典型耗时 |
|---|---|---|---|
| cellranger count（10k 细胞） | 8 核 / 64GB | 8 核 / 32GB | 1-3 小时 |
| cellranger count（50k+ 细胞） | 16 核 / 128GB | 16 核 / 64GB | 4-8 小时 |
| cellranger multi（V(D)J+5'） | 16 核 / 128GB | 不建议低于 64GB | 数小时 |
| cellranger mkref | 64GB+（人类） | 32GB（加 --nthreads） | 0.5-1 小时 |
| cellranger aggr（多样本） | 与最大单样本同级 | — | 小时级 |
提速清单
--localcores：设为物理核数（超线程核数收益递减）--localmem：按机器内存的 90% 设置（默认会自动检测，容器内常检测错误需手动指定）- 输入 FASTQ 放本地 NVMe：网络盘读取 FASTQ 是最常见的隐形瓶颈
- 多样本项目用
bcl2fastq/mkfastq一次拆分后并行跑多个 count
容器/云环境注意
Cell Ranger 在 Docker/K8s 里跑时 --localmem 不会自动识别 cgroup 限额，超分会被 OOM kill。用裸机或明确内存配额的环境更稳。建议测序中心配 32 核 / 128GB / 4TB NVMe 一台，10-20 个样本的项目当天出全部 count 结果。
常见问题
Cell Ranger 32GB 内存能跑吗？
能。10k 细胞以下样本 32GB + 8 核可以跑完 count（时间更长），但 mkref 建参考和多样本 multi 建议 64GB+。
cellranger 跑得慢怎么提速？
--localcores 拉满物理核数、输入放 NVMe 盘、避免虚拟机超分。10000 细胞样本在 32 核机器上约 1-2 小时。